Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par :
- les fonctionnaires chargés de mission permanente d'inspection interservices qui contribuent à la gestion des ressources humaines participent aux réflexions relatives au fonctionnement et à l'organisation des services et organisent les missions de contrôle et d'évaluation du fonctionnement des services déconcentrés ;
- la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés, assistée d'une mission de gestion de l'encadrement supérieur ;
- l'observatoire des missions et des métiers chargé de suivre les évolutions des missions du ministère et d'en mesurer les conséquences quantitatives et qualitatives sur les métiers actuels ou émergents ;
- le conseil des systèmes d'information chargé d'assurer la cohérence et l'interopérabilité des systèmes d'information utilisés par les directions et les services centraux et déconcentrés du ministère.