Le vote a lieu par voie électronique uniquement. Les modalités d'organisation et de fonctionnement du vote électronique et de déroulement du scrutin sont définies par le décret du 26 mai 2011 susvisé.
Un bureau de vote électronique est créé pour ce scrutin au sein de Météo-France.

L'élection se déroule au scrutin de liste à la plus forte moyenne, à scrutin secret dématérialisé et à collège unique.

La désignation des candidats élus est effectuée en suivant l'ordre de chaque liste de la manière suivante :

a) Nombre total de sièges attribués à chaque liste :

Chaque liste a droit à autant de sièges de représentant titulaire que le nombre de voix recueillies par elle contient de fois le quotient électoral.
Ce dernier est obtenu en divisant le nombre total des suffrages valablement exprimés par le nombre de sièges à pourvoir.
Les sièges restant éventuellement à pourvoir sont attribués suivant la règle de la plus forte moyenne.
Dans le cas où deux listes ont la même moyenne et où il n'y a plus qu'un siège à pourvoir, ce siège est attribué à la liste qui a recueilli le plus grand nombre de suffrages. Si les deux listes en cause ont également recueilli le même nombre de voix, le siège est attribué par voie de tirage au sort.

b) Désignation des élus :

Pour chaque liste ayant obtenu un ou des sièges, le ou les représentants titulaires sont désignés selon l'ordre de présentation de la liste, puis le ou les représentants suppléants sont désignés selon la suite de l'ordre de présentation de la liste.

Les opérations électorales sont contrôlées par le bureau de vote électronique.
Un procès-verbal des opérations électorales est établi par ce bureau et immédiatement transmis au ministre chargé des transports.
Les résultats sont portés à la connaissance du personnel et font l'objet d'un affichage dans le système de vote électronique.

Les contestations éventuelles sur la validité des opérations électorales sont portées, dans un délai de cinq jours à compter de la proclamation des résultats, devant le président-directeur général de Météo-France qui statue dans un délai de dix jours.