La sous-direction de l'administration territoriale comprend :

• le bureau de l'action régionale et de l'aménagement du territoire ;
• le bureau de la déconcentration et des politiques territoriales de l'Etat ;
• le bureau du fonctionnement des préfectures ;
• le bureau de la modernisation et de la réforme de l'Etat.

La sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils est chargée de la gestion et du management des emplois, des effectifs et des carrières de ces différents corps.

La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat, notamment en ce qui concerne les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures, et à l'exercice des attributions des préfets et de leurs collaborateurs.
Elle traite des questions se rapportant à la modernisation des préfectures et sous-préfectures ainsi qu'aux réflexions relatives à leurs missions et à la réforme de l'Etat.
Elle assure la mise en oeuvre et le suivi de la déconcentration.
Elle exerce une mission de coordination des mesures d'organisation et des compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.
Elle assure la gestion du Fonds européen de développement régional et le suivi de la mise en oeuvre des programmes d'aide de l'Union européenne.

La sous-direction des affaires politiques et de la vie associative assure la préparation et la mise en oeuvre des textes relatifs au droit électoral et au financement des partis politiques et des campagnes électorales. Elle est chargée des études politiques et de l'organisation des élections.
Elle est chargée de l'application et de l'évolution de la législation concernant la vie associative ; elle assure le contrôle des associations et fondations reconnues d'utilité publique.
Elle suit les affaires cultuelles, notamment l'application du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle.