La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat, notamment en ce qui concerne les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures, et à l'exercice des attributions des préfets et de leurs collaborateurs.
Elle traite des questions se rapportant à la modernisation des préfectures et sous-préfectures ainsi qu'aux réflexions relatives à leurs missions et à la réforme de l'Etat.
Elle assure la mise en oeuvre et le suivi de la déconcentration.
Elle exerce une mission de coordination des mesures d'organisation et des compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.
Elle assure la gestion du Fonds européen de développement régional et le suivi de la mise en oeuvre des programmes d'aide de l'Union européenne.