Les modalités de prise en compte des notes du contrôle continu sont définies par instruction du ministre en charge de l'agriculture. Cette instruction détermine également les dérogations apportées à l'organisation de l'expérimentation telle que prévue par l'arrêté du 24 avril 2012 susvisé. Ces dérogations portent sur la suppression des épreuves de rattrapage, la mise en place d'une session supplémentaire de l'examen et la modification des conditions de redoublement et d'admission dans le semestre suivant.