Les autorisations de projet sont délivrées, sur le fondement de la délégation qu'ils tiennent du ministre de la défense :
― pour les établissements relevant de l'autorité de la direction générale de l'armement, par l'inspecteur général des armées-armement ou, en cas d'empêchement, par son suppléant ;
― pour les établissements relevant de l'autorité de la direction centrale du service de santé des armées, par l'inspecteur général du service de santé des armées ou, en cas d'empêchement, par son suppléant.
Tout responsable de projet adresse par la voie hiérarchique à l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées une demande d'autorisation de projet accompagnée du dossier prévu à l'article 5 de l'arrêté du 1er février 2013 relatif à l'évaluation éthique et à l'autorisation des projets impliquant l'utilisation d'animaux dans des procédures expérimentales. L'inspecteur technique des services vétérinaires des armées vérifie que le dossier est complet et le transmet à l'inspecteur général et au comité d'éthique compétents. Cette transmission marque le point de départ des délais mentionnés à l'article R. 214-125 du code rural et de la pêche maritime.
Le comité d'éthique transmet son avis à l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées, le cas échéant avec la nouvelle version du dossier d'autorisation de projet si ce dernier a été amendé. Cet avis doit mentionner s'il est nécessaire de procéder à une appréciation rétrospective.
L'inspecteur général compétent, sur proposition de l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées, notifie, dans les délais mentionnés à l'article R. 214-125 du code rural et de la pêche maritime, la décision relative à l'autorisation de projet au responsable du projet et en informe le président du comité d'éthique, le chef du ou des établissements utilisateurs concernés ainsi que l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées.

Les projets devant être réalisés sur plusieurs sites sont examinés par le comité d'éthique dont relève l'établissement utilisateur devant accueillir la majeure partie de la procédure expérimentale et font l'objet d'une autorisation signée par l'inspecteur général compétent pour cet établissement.
Si un projet est réalisé de façon équivalente sur deux sites dépendant de comités d'éthique et d'autorités décisionnaires différents, le responsable du projet décide quel est l'établissement considéré comme portant l'ensemble du projet. Le projet est alors soumis au comité d'éthique dont relève cet établissement et l'autorisation est délivrée par l'inspecteur général compétent pour cet établissement.
Le comité d'éthique saisi informe de son avis le comité d'éthique dont relève l'autre site. L'inspecteur général ayant délivré l'autorisation informe de sa décision l'inspecteur général compétent pour l'autre site.

Les demandes concernant des projets présentant un caractère de secret de la défense nationale au sens de l'article 413-9 du code pénal sont instruites par un personnel désigné conformément à l'article 2 du présent arrêté et habilité à en connaître.
Leur évaluation éthique est menée par des personnes habilitées à en connaître, membres des comités d'éthique agréés par le ministre de la défense, siégeant selon les modalités identiques aux autres projets.
L'autorisation de projet est délivrée par l'inspecteur général concerné ou son représentant, sous réserve qu'il dispose de l'habilitation à en connaître.