En contrepartie de la mise en œuvre de la procédure de service fait présumé, l'ordonnateur, en coordination avec les services du pouvoir adjudicateur ou de l'entité adjudicatrice, procède à la mise en place d'un dispositif de contrôle interne propre à prévenir les risques.
L'ordonnateur réalise périodiquement, au minimum deux fois par an, des contrôles a posteriori selon un plan de contrôle arrêté dans les conditions fixées par instruction ministérielle.

Les services bénéficiaires des fournitures ou des services faisant l'objet de la procédure de service fait présumé communiquent à l'ordonnateur toutes difficultés d'exécution pouvant justifier un retour à une constatation effective et exhaustive du service fait.

La mise en œuvre par les ordonnateurs de la procédure de service fait présumé peut s'inscrire dans le cadre d'un protocole d'accord entre l'administration et ses co-contractants.
Ce protocole, prévu dans le contrat, peut notamment prévoir la mise en œuvre de contrôles partagés propres à garantir la qualité des processus de livraison ou réalisation des prestations et de facturation.