L'état-major de la marine est placé sous les ordres d'un officier général, major général de la marine, qui remplace le chef d'état-major en cas d'absence ou d'empêchement.
Le major général assiste le chef d'état-major dans ses attributions. Il fait appliquer la politique générale de la marine par l'intermédiaire de l'état-major de la marine dont il dirige les travaux.

Le major général est assisté de quatre sous-chefs d'état-major :
- le sous-chef d'état-major « plans » ;
- le sous-chef d'état-major « programmes » ;
- le sous-chef d'état-major « opérations-logistique » ;
- le sous-chef d'état-major « ressources humaines ».
Il est assisté d'officiers chargés de coordonner les activités de l'état-major avec celles d'autres organismes, notamment pour les questions nucléaires et d'environnement, pour les questions internationales, dans le domaine des systèmes d'information et de communication, ainsi que dans le domaine spatial. Un chargé du dialogue de gestion et de la démarche qualité dans la marine lui est rattaché. Il dispose également :
- d'un bureau chargé des affaires générales ;
- d'un bureau chargé des affaires nucléaires et des questions relatives à l'environnement et à l'hygiène et à la sécurité du travail.
En outre, le délégué aux réserves de la marine nationale, dont les attributions sont fixées par arrêté, relève du major général de la marine.

Le sous-chef d'état-major « plans », en liaison avec l'état-major des armées, la délégation générale pour l'armement, le secrétariat général pour l'administration et la délégation aux affaires stratégiques :

1. Conçoit les objectifs à long terme et les traduit en termes de planification et de programmation, définit les spécifications militaires des bâtiments de surface, sous-marins, aéronefs, systèmes et matériels nouveaux de la marine et participe à l'élaboration des programmes d'études correspondants ;
2. Propose le budget annuel de la marine dont il suit l'exécution ;
3. Définit l'organisation générale de la marine et participe à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires ;
4. Traite, en liaison avec les administrations intéressées, les affaires relatives aux actions de l'Etat en mer ;
5. Propose et met en oeuvre la politique de la marine en matière de gestion et d'administration de l'infrastructure ainsi qu'en matière domaniale et d'environnement, exprime les besoins de la marine en matière de logement du personnel et participe à la mise en oeuvre de la politique du logement décidée par le ministre.
   Il est assisté d'un adjoint.

Le sous-chef d'état-major « programmes », en liaison avec la délégation générale pour l'armement et, en tant que de besoin, avec les autres états-majors et les organismes concernés, appartenant ou non au ministère de la défense :

1. Fait assurer et coordonne les développements et la réalisation des programmes de la marine ;
2. Fait réaliser les modernisations, les refontes et les expérimentations des matériels de la marine ;
3. Fixe, à l'entrée en service des matériels, leurs conditions d'utilisation ainsi que les règles initiales pour la maintenance et l'élaboration de la documentation ;
4. Fait constituer le parc initial de munitions ;
5. Participe aux commissions de modification des matériels en service de la marine.
   Il est assisté d'un adjoint et d'un officier chargé des programmes aéronautiques.

Le sous-chef d'état-major « opérations-logistique », en liaison avec l'état-major des armées, la délégation générale pour l'armement, les services interarmées et la structure intégrée du maintien en condition opérationnelle des matériels aéronautiques du ministère de la défense :

1. Etablit la doctrine d'emploi des forces maritimes en cohérence avec les doctrines établies en interarmées par l'Union européenne et par l'Organisation du traité de l'Atlantique Nord ;
2. Définit les conditions et modalités de mise en oeuvre des forces maritimes à partir des directives des autorités d'emploi (Premier ministre et chef d'état-major des armées) et conseille ces autorités pour la planification et la conduite des opérations pour leur volet aéro-maritime ;
3. Dirige le centre des opérations maritimes de la marine à Paris ;
4. Met en oeuvre, dans le cadre des directives du chef d'état-major des armées, la participation de la marine à la politique de relations internationales et à la coopération militaire avec les marines étrangères ;
5. Assure pour l'état-major de la marine la liaison avec la direction du renseignement militaire ;
6. Etablit les grandes orientations d'application des directives du chef d'état-major des armées et fixe les objectifs propres à la marine dans ce domaine ;
7. Coordonne l'exploitation des enseignements tirés des opérations et entraînements menés dans la marine ;
8. Fixe la politique relative à l'hydrographie et à la connaissance de l'environnement météorologique et océanographique dans les zones d'opérations maritimes ;
9. Fixe la composition et l'articulation des forces maritimes et l'implantation des formations de la marine ;
10. Approuve les minimums opérationnels des équipages de l'aviation navale ;
11. Approuve la politique générale de la sécurité aérienne dans la marine ;
12. Fixe la politique générale du soutien dans la marine, donne les directives nécessaires à son application et fait assurer le soutien logistique des éléments de force maritime par les organismes compétents ;
13. Préside les commissions de modification des matériels en service de la marine ;
14. Fixe les allocations en munitions des unités et fait renouveler les stocks.
    Il est assisté d'un adjoint.

Le sous-chef d'état-major « ressources humaines », en liaison avec le secrétariat général pour l'administration :

1. Propose la politique de la marine en matière de ressources humaines ;
2. Prépare les éléments nécessaires à la définition d'une politique de gestion de ces ressources ;
3. Définit les besoins et répartit la ressource budgétaire en personnel militaire d'active et de réserve et en personnel civil de la marine ;
4. Elabore la politique de la marine relative aux conditions de vie et de travail du personnel et en coordonne le suivi ;
5. Anime et coordonne le dialogue social avec les fédérations syndicales représentatives du personnel civil.
   Il est assisté d'un adjoint.
   Le sous-chef d'état-major et son adjoint assurent par ailleurs les fonctions de directeur et de directeur adjoint de la direction du personnel militaire de la marine.