L'agent en mission, au sens du 1° de l'article 2 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, doit être muni, avant son départ, d'un ordre de mission.
La mission débute à l'heure de départ de la résidence administrative et se termine à l'heure de retour à cette même résidence. Toutefois, pour tenir compte de situations particulières liées à la mission, le départ de la résidence familiale ou le retour à cette même résidence peut être autorisé.
A cet effet, en cas d'utilisation de la voie ferroviaire, un délai forfaitaire de deux heures est ajouté à la durée de la mission, par référence aux horaires mentionnés sur les titres de transport. Cette durée est portée à trois heures en cas d'utilisation de la voie aérienne ou de la voie maritime.

Un ordre de mission comportant la mention « permanent » peut être délivré à l'agent :
a) Exerçant des fonctions essentiellement itinérantes ;
b) Appelé à se déplacer fréquemment dans la limite géographique fixée par cet ordre de mission.
La validité d'un tel ordre de mission ne peut excéder douze mois.

Les indemnités journalières forfaitaires outre-mer et à l'étranger sont décomptées de l'heure d'arrivée dans la localité (en cas de déplacement par voie routière exclusivement), la gare, le port ou l'aéroport de destination, jusqu'à l'heure de départ de ce même lieu.

Préalablement à tout déplacement, l'agent peut percevoir une avance égale à 75 % du montant de l'indemnité susceptible de lui être servie.

A l'issue du déplacement, l'agent produit les justificatifs requis des dépenses de transport et d'hébergement exposées pour l'accomplissement de la mission, y compris les frais et frais annexes mentionnés aux articles 7 et 9 ci-après.

Les frais suivants donnent lieu à remboursement, sur présentation des pièces justificatives de paiement :
a) Transport en commun, taxi en cas d'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, parc de stationnement dans la limite de soixante-douze heures, frais de péage, taxe d'aéroport et autres taxes et impôts liés au déplacement, vaccinations et traitements médicaux prophylactiques obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente, excédents de bagages afférents au transport de matériel ou de document nécessaires à l'accomplissement de la mission ;
b) Sur autorisation préalable : location de véhicule, passeport et visa.

L'agent bénéficiant de prestations matérielles de restauration, d'hébergement et de transport donnant lieu à prise en charge directe par l'administration au sens des dispositions de l'article 5 du décret du 3 juillet 2006 susvisé ne peut pas prétendre à bénéficier des indemnités correspondantes.
Par ailleurs, l'agent a la faculté de bénéficier des prestations proposées par les différentes structures d'accueil du ministère de la défense. Dans cette hypothèse, l'agent bénéficie des indemnités correspondantes lorsque les prestations matérielles de restauration et d'hébergement ne sont pas gratuites.