Le conseil se réunit en principe au moins une fois par semaine sur convocation de son président.

Le conseil est également convoqué par le président à la demande d'au moins trois conseillers. Cette demande est adressée au président du conseil et doit être accompagnée d'une proposition d'ordre du jour.

L'ordre du jour des réunions du conseil est arrêté par le président sur proposition du directeur général. Chaque conseiller peut demander l'inscription d'une ou plusieurs questions à l'ordre du jour. Il en informe le président ou le directeur général en temps utile. Dans la mesure du possible, il communique à cet effet au secrétariat du collège les éléments d'information nécessaires à la délibération.
Sauf cas d'urgence, l'ordre du jour est transmis aux conseillers quatre jours au moins avant la séance. Il peut comporter une rubrique « questions diverses ».
Les dossiers de la séance, qui contiennent notamment les projets de délibération, sont préparés sous la responsabilité du directeur général. Sauf cas d'urgence, ils sont transmis aux conseillers quarante-huit heures au moins avant la séance.

Les dossiers soumis à la délibération du conseil sont, dans la mesure du possible, examinés préalablement en groupe de travail. Ils sont rapportés devant le conseil par le président du groupe de travail ou son suppléant.
Le secrétariat du collège tient le calendrier des travaux de ces groupes.
Le directeur général peut rapporter des dossiers devant le conseil lorsque ces derniers traitent de questions relatives à son organisation ou à son fonctionnement interne.

Le conseil ne peut délibérer que si au moins six conseillers sont présents. A compter de l'échéance du mandat du membre désigné par le Président de la République en 2011, le conseil ne peut délibérer que si au moins quatre conseillers sont présents. Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des conseillers présents ; en cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le vote à bulletins secrets est de droit à la demande d'un conseiller. En cas de partage égal des voix, un second vote est organisé. En cas de nouveau partage égal des voix à l'issue de ce second vote, le vote du président est rendu public et sa voix est prépondérante.

Le directeur général assiste aux délibérations du conseil.
Des collaborateurs du conseil ou des personnes extérieures à celui-ci peuvent assister à ses délibérations avec l'autorisation du président, sauf si la majorité des membres présents demande le huis clos. Ils sont alors tenus au secret des délibérations.

Le conseil peut procéder à des auditions.

Le président signe les actes et correspondances délibérés par le conseil.

Les conseillers sont tenus informés quotidiennement des arrivées et hebdomadairement des départs du courrier. Ils peuvent avoir accès à tout courrier.

Le conseil est informé des missions de chaque conseiller et de celles des membres des services.