Le conseil se réunit en assemblée plénière. Il peut siéger en formation de sections ou de comité d'urgence. Les avis sont pris à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
L'organisation interne du conseil, et notamment la composition, les pouvoirs, le champ de compétence et les modalités de fonctionnement des sections sont déterminés par le règlement intérieur proposé par le président, adopté et modifié par l'assemblée plénière et homologué par arrêté du ministre chargé de l'économie.
Les présidents des sections sont choisis parmi les membres du conseil et nommés par le président.

Le comité d'urgence est composé du président du Conseil national de la comptabilité, des vice-présidents, du représentant du garde des sceaux, ministre de la justice, d'un représentant du ministre chargé de l'économie, d'un représentant du ministre chargé du budget et du représentant du président de l'Autorité des marchés financiers.
Il est saisi par le président du Conseil national de la comptabilité ou par le ministre chargé de l'économie de toute question relative à l'interprétation ou l'application d'une norme comptable nécessitant un avis urgent. Il doit statuer dans un délai maximum de trois mois à compter de la date de saisine.
Ses avis sont publiés dans le bulletin du Conseil national de la comptabilité.

Si la question évoquée est du ressort d'une administration de l'Etat, un représentant de cette administration est invité à prendre part aux débats des formations du Conseil national de la comptabilité.
Le président du Conseil national de la comptabilité peut appeler à prendre part aux travaux du conseil toute personne dont il juge le concours utile.
Il peut, avec l'accord du conseil, agréer des personnalités qui, en France ou à l'étranger, seront chargées, en qualité de correspondants, de réunir ou de diffuser des renseignements intéressant l'activité du conseil.

Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie, après avis du président du conseil. Il est chargé, sous l'autorité du président, de la gestion administrative du conseil, de la préparation et du suivi des travaux techniques ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée. Il assiste aux réunions des formations du conseil.
L'organisation du secrétariat général est fixée par arrêté du ministre chargé de l'économie pris sur proposition du président du conseil.

Dans l'exercice de ses missions, le Conseil national de la comptabilité est assisté de rapporteurs.
Il peut, en tant que de besoin, faire appel à des collaborateurs occasionnels appartenant ou non à l'administration.