Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie, après avis du président du conseil. Il est chargé, sous l'autorité du président, de la gestion administrative du conseil, de la préparation et du suivi des travaux techniques ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée. Il assiste aux réunions des formations du conseil.

L'organisation du secrétariat général est fixée par arrêté du ministre chargé de l'économie pris sur proposition du président du conseil.