Pour l'exercice de ses attributions et sous l'autorité du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'insertion professionnelle, le secrétaire d'Etat à l'enseignement supérieur :
- dispose de la direction générale des enseignements supérieurs et, conjointement avec le secrétaire d'Etat à la recherche, de la mission scientifique et technique ;
- fait appel, en tant que de besoin, aux directions mentionnées par le décret du 12 juillet 1993 susvisé ainsi qu'à l'inspection générale de l'éducation nationale, l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et l'inspection générale des bibliothèques ;
- peut faire appel à la direction des lycées et collèges, la direction des écoles, la direction des personnels enseignants des lycées et collèges, la direction des affaires générales, internationales et de la coopération, la direction de l'administration et du personnel, la direction générale des finances et du contrôle de gestion, la direction de l'évaluation et de la prospective, la direction des personnels d'inspection et de direction et la direction de l'information et des technologies nouvelles.
Le secrétaire d'Etat à l'enseignement supérieur peut présider, par délégation du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'insertion professionnelle, le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche.