L'agent comptable est nommé dans les conditions fixées par l'article 59 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée. Il exerce les fonctions de chef du service de la comptabilité de l'établissement.
Le pouvoir de suspension à l'égard des agents comptables est exercé, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et par le recteur d'académie, chancelier, pour les autres établissements. Le ministre qui a prononcé le détachement de l'intéressé est avisé de la suspension.

Il peut être institué, sur proposition de l'ordonnateur principal, des agents comptables secondaires. Ils sont désignés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget, après agrément de l'agent comptable principal.

Les mandataires des agents comptables doivent être agréés par l'ordonnateur concerné.

La responsabilité de l'agent comptable n'est pas susceptible d'être engagée à l'occasion des opérations relatives au budget de gestion mentionné à l'article 6 du présent décret.

Lorsqu'un ordonnateur a requis un agent comptable de payer, celui-ci défère à la réquisition. Il en rend compte au ministre chargé du budget et en informe le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

L'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par un des cas prévus à l'article 195 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus. L'agent comptable rend immédiatement compte de son refus au ministre chargé du budget et en informe le ministre chargé de l'enseignement supérieur.