L'agent comptable est nommé dans les conditions fixées par l'article 59 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée. Il exerce les fonctions de chef du service de la comptabilité de l'établissement.

Peuvent être inscrits sur la liste d'aptitude aux fonctions d'agent comptable d'établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel les intendants universitaires, les conseillers d'administration scolaire et universitaire, branche Administration financière, et les fonctionnaires de catégorie A des services déconcentrés du Trésor.

Les agents exerçant les fonctions de comptable sont placés en position de détachement dans leur corps d'origine.

Le pouvoir de suspension à l'égard des agents comptables est exercé, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et par le recteur d'académie, chancelier, pour les autres établissements. Le ministre qui a prononcé le détachement de l'intéressé est avisé de la suspension.