Les opérations de recettes et de dépenses du centre régional sont confiées à un agent comptable nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable perçoit une indemnité de service lorsque l'activité du centre régional ne justifie pas l'existence d'un poste comptable à temps plein.

Outre les fonctions qui pourraient lui être confiées par le conseil d'administration, il exerce les attributions et il est astreint aux obligations fixées par les décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés. Il tient à jour la comptabilité du centre régional et coordonne l'activité comptable des centres départementaux et locaux.

Il est placé sous l'autorité du directeur du centre régional.