L'école est dirigée par un directeur, assisté d'un directeur adjoint. Elle est dotée d'un conseil d'administration et d'un conseil scientifique.

Le directeur est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à la commission prévue à l'article suivant un avis motivé sur trois candidatures qu'il a au préalable retenues.
Le directeur est choisi parmi les professeurs d'université ou les personnels appartenant à des catégories assimilées, en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au conseil national des universités.
Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans, immédiatement renouvelable une fois.

La commission appelée à émettre un avis sur la nomination du directeur comprend quatorze membres nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
1° Les secrétaires perpétuels de l'académie des sciences ;
2° Six présidents de section du comité national des universités, relevant de disciplines correspondant aux missions de l'école ;
3° Trois présidents de section du comité national du Centre national de la recherche scientifique relevant de disciplines correspondant aux missions de l'école, sur proposition du directeur général du centre ;
4° Trois personnalités scientifiques choisies en raison de leur compétence dans les domaines correspondant aux missions de l'école.

Le directeur adjoint est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur après avis du directeur de l'école. Il est choisi parmi les catégories de personnels mentionnées au deuxième alinéa de l'article 6 ci-dessus.

Le conseil d'administration comprend trente membres ainsi répartis :
1° Quinze personnalités nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur dont :
a) Les secrétaires perpétuels de l'académie des sciences ;
b) Le directeur général du centre national de la recherche scientifique ;
c) Les présidents de deux universités choisies, sur proposition du directeur, parmi les universités ayant conclu une convention de coopération avec l'école ;
d) Quatre personnalités dirigeant des institutions ou organismes publics ou privés liés à l'école par des conventions de recherche, sur proposition du directeur de l'école ;
2° Quatre représentants élus des professeurs d'université et des personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 précité ;
3° Quatre représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
4° Quatre représentants des élèves, un représentant par année d'études, élus par des collèges distincts :
5° Trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service : un représentant des personnels ingénieurs et techniques, un représentant des personnels administratifs et un représentant des personnels ouvriers et de service, élus par des collèges distincts.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, parmi les membres nommés de ce conseil.
Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur assiste aux séances du conseil.
Le directeur et le directeur adjoint siègent au conseil d'administration avec voix consultative. Le directeur est accompagné de ses collaborateurs, et, notamment, du secrétaire général et de l'agent comptable.

Le conseil d'administration est réuni, à l'initiative et sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il peut se réunir également sur convocation de son président, à la demande du directeur de l'école ou des deux tiers de ses membres.
Il ne peut valablement délibérer que si la majorité au moins des membres ayant voix délibérative participe à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique comprend vingt-cinq membres ainsi répartis :
1° Le directeur de l'école, président ;
2° Le directeur adjoint ;
3° Treize personnalités extérieures à l'école, nommées en raison de leur compétence dans les domaines scientifique et technologique par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont :
a) Deux sur proposition respectivement de chacun des présidents des universités mentionnées au c du 1° de l'article 9 ci-dessus ;
b) Deux directeurs de département du Centre national de la recherche scientifique sur proposition du directeur général du centre ;
c) Trois personnalités appartenant à des institutions ou organismes publics ou privés liés par des conventions de recherche à l'école, sur proposition du directeur de l'école ;
4° Cinq représentants élus des professeurs d'université ou personnels relevant de catégories assimilées dans les conditions prévues au 2° de l'article 9 ci-dessus ;
5° Trois représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
6° Un représentant élu des ingénieurs de recherche ;
7° Un représentant élu des élèves.

Le directeur peut recueillir l'avis d'une commission des études qu'il préside et qui comprend, dans des conditions définies par le règlement intérieur de l'école, des représentants des personnels d'enseignement et de recherche et des élèves et des membres de l'administration de l'école.

Les dispositions du décret n° 85-59 du 18 janvier 1985 fixant le régime électoral des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'école sous réserve des dérogations prévues ci-après.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les représentants des personnels et des élèves sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Pour les élèves, chaque candidat se présente avec un suppléant qui siège en cas d'empêchement du titulaire et le remplace en cas de vacance du siège.

Les personnels affectés à l'école sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique au titre des personnels d'enseignement et de recherche, dans le collège correspondant à leur grade.
Sont également électeurs et éligibles, dans les mêmes conditions :
1° Les personnels assurant à l'école un nombre d'heures d'enseignement au moins égal au quart des obligations de service de référence, s'ils en font la demande ;
2° Les personnels assurant leurs activités de recherche à l'école, en vertu d'une convention.
La liste des personnels mentionnés à l'alinéa précédent est communiquée chaque année par le directeur au conseil d'administration.

Les élèves en cours de scolarité sont électeurs et éligibles au conseil d'administration. Au conseil scientifique, sont électeurs les élèves titulaires d'une maîtrise ou d'un diplôme équivalent, sont seuls éligibles les élèves titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme d'études approfondies.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique est de trois ans, à l'exception des représentants des élèves dont le mandat est d'un an.

Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique rend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont être élus ou nommés.
Sous réserve des dispositions du second alinéa de l'article 15, en cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, celui-ci est pourvu pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.