L'école est dirigée par un directeur assisté de deux directeurs adjoints. Elle est dotée d'un conseil d'administration et d'un conseil scientifique.
L'école comprend des départements, des laboratoires de recherche et des services, dont l'organisation et le fonctionnement sont prévus par le règlement intérieur.

Le directeur est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à la commission prévue à l'article 8 ci-dessous un avis motivé sur trois candidatures qu'il a au préalable retenues.
Le directeur est choisi parmi les professeurs d'université ou les personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987, relatif au Conseil national des universités.
Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans, immédiatement renouvelable une fois.

Les directeurs adjoints sont nommés, pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Pour chaque emploi de directeur adjoint, le ministre chargé de l'enseignement supérieur nomme l'un des trois candidats retenus par la commission prévue à l'article 8. La commission établit, sur la base des candidatures qui lui sont communiquées et au vu de l'avis émis sur chacune d'elles par le directeur, une liste de trois noms qu'elle propose au ministre.
Les directeurs adjoints sont choisis parmi les professeurs des universités ou les personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités. L'un appartient au groupe des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques, l'autre au groupe des disciplines scientifiques.

La commission appelée à émettre un avis sur la nomination du directeur et des directeurs adjoints comprend vingt membres nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur :
1° Le secrétaire perpétuel de l'académie des inscriptions et belles-lettres ;
2° Les secrétaires perpétuels de l'académie des sciences ;
3° Le secrétaire perpétuel de l'académie des sciences morales et politiques ;
4° Le président de la Bibliothèque nationale de France ;
5° Le directeur général de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ;
6° Quatre professeurs du Collège de France : deux représentants des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et deux représentants des disciplines scientifiques, sur proposition de l'administrateur du collège ;
7° Quatre présidents de section du Comité national du Centre national de la recherche scientifique : deux représentants des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et deux représentants des disciplines scientifiques, sur proposition du directeur général du centre ;
8° Quatre présidents de section du Conseil national des universités : deux représentants des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et deux représentants des disciplines scientifiques ;
9° Le président du conseil d'administration et le président du conseil scientifique de l'école.

Le directeur de la bibliothèque générale est nommé par le directeur de l'école, après avis du conseil scientifique, pour une durée de cinq ans renouvelable.
Les fonctions de directeur de la bibliothèque générale peuvent être confiées :

• à un professeur des universités, à un maître de conférences ou à un membre des catégories assimilées en application de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 précité ;
• à un membre du corps des conservateurs des bibliothèques ou du corps des conservateurs généraux des bibliothèques.

Le conseil d'administration comprend vingt membres :
1° Dix personnalités nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont :
a) Une sur proposition du ministre des affaires étrangères ;
b) Une sur proposition du ministre chargé de la culture ;
c) Deux représentants des corps techniques supérieurs de l'Etat, sur proposition du ministre dont ils relèvent ;
2° Deux représentants des professeurs d'université et des personnels appartenant à des catégories assimilées, en application de l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 précité : un représentant des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et un représentant des disciplines scientifiques, élus par des collèges distincts ;
3° Deux représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche : un représentant des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et un représentant des disciplines scientifiques, élus par des collèges distincts ;
4° Quatre représentants des élèves : deux représentants des sections des lettres, sciences humaines et économiques, et deux représentants des sections scientifiques, élus par des collèges distincts ;
5° Deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé : un représentant des personnels appartenant à des corps de catégories A et B et des contractuels de même niveau et un représentant des autres personnels, élus par des collèges distincts.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur parmi les membres nommés de ce conseil.
Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur assiste aux séances du conseil d'administration.
Le directeur et les directeurs adjoints siègent au conseil d'administration avec voix consultative. Le directeur peut être accompagné de ses collaborateurs et, notamment, du secrétaire général et de l'agent comptable.

Le conseil d'administration est réuni, à l'initiative et sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il peut se réunir également, sur convocation de son président, à la demande du directeur de l'école ou des deux tiers de ses membres.
Il ne peut valablement délibérer que si la majorité au moins des membres ayant voix délibérative participe à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Un membre du conseil d'administration empêché d'assister à une séance peut donner pouvoir à un autre membre du conseil ; cette disposition n'est applicable aux représentants des élèves que dans le cas où leur suppléant est empêché de siéger. Aucun membre du conseil ne peut être porteur de plus de deux pouvoirs.
La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique est composé de membres de droit, de membres élus et de membres nommés.
Les membres de droit sont le directeur, les directeurs adjoints et le directeur de la bibliothèque générale.
Les membres élus sont nommés au nombre de sept :
1° Deux représentants des professeurs d'université et personnels assimilés : un représentant des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et un représentant des disciplines scientifiques, élus par collèges distincts ;
2° Deux représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche : un représentant des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques et un représentant des disciplines scientifiques, élus par des collèges distincts ;
3° Un représentant élu des ingénieurs de recherche ;
4° Deux représentants des élèves : un représentant des disciplines littéraires et des sciences humaines et économiques, et un représentant des disciplines scientifiques, élus par des collèges distincts.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur nomme onze personnalités extérieures à l'école dont deux sur proposition de l'assemblée des professeurs du Collège de France, deux sur proposition du conseil scientifique du Centre national de la recherche scientifique, une sur proposition du conseil scientifique de la Bibliothèque nationale de France, sur une proposition du conseil scientifique de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale. Chacune des propositions faites au ministre comporte deux fois plus de noms que de sièges à pourvoir.
Le conseil scientifique élit son président parmi les membres nommés.
Les dispositions de l'article 12 sont applicables au conseil scientifique.

Le directeur peut recueillir l'avis d'une commission des études qu'il préside. La composition et les modalités de fonctionnement de cette commission sont fixées par le conseil scientifique. Elle comprend en particulier des représentants des personnels d'enseignement et de recherche et des élèves.

Les dispositions du décret n° 85-59 du 18 janvier 1985 fixant le régime électoral des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'école sous réserve des dérogations prévues ci-après.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les représentants des personnels et des élèves sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Pour les élèves, chaque candidat se présente avec un suppléant qui siège en cas d'empêchement du titulaire et le remplace en cas de vacance du siège.

Sont électeurs et éligibles au conseil d'administration :
1° Les personnels d'enseignement et de recherche affectés à l'école, dans le collège correspondant à leur grade ;
2° Dans les mêmes conditions, les personnels d'enseignement et de recherche assurant à l'école un nombre d'heures au moins égal au quart des obligations de service de référence, et les personnels assurant leurs activités de recherche à l'école en vertu d'une convention ;
3° Les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé affectés à l'école, dans le collège correspondant à leur catégorie ;
4° Dans les mêmes conditions, les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé en fonction à l'école qui relèvent d'autres organismes.
Sont électeurs et éligibles au conseil scientifique les personnels mentionnés aux 1° et 2° de l'alinéa précédent ainsi que les ingénieurs de recherche relevant des 3° et 4° du même alinéa.
Le directeur communique chaque année au conseil d'administration la liste des personnels mentionnés aux 2° et 4° ci-dessus.

Les élèves en cours de scolarité sont électeurs et éligibles au conseil d'administration. Au conseil scientifique, sont électeurs les élèves en cours de scolarité titulaires d'une maîtrise ou d'un diplôme équivalent, sont seuls éligibles les élèves titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme d'études approfondies.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique est de trois ans, à l'exception des représentants des élèves dont le mandat est d'un an.

Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Sous réserve des dispositions du second alinéa de l'article 16, en cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, celui-ci est pourvu pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.