Lorsqu'un chef de service estime, au vu d'une attestation médicale ou sur le rapport des supérieurs hiérarchiques, que l'état de santé d'un fonctionnaire pourrait justifier qu'il lui soit fait application des dispositions de l'article L. 822-6 ou de l'article L. 822-12 du code général de la fonction publique, il saisit le conseil médical de cette question. Il informe de cette saisine le médecin du travail qui transmet un rapport au conseil médical.

Pour obtenir un congé de longue maladie ou de longue durée, le fonctionnaire en position d'activité doit adresser à son chef de service une demande appuyée d'un certificat d'un médecin spécifiant qu'il est susceptible de bénéficier des dispositions de l'article L. 822-6 ou de l'article L. 822-12 du code général de la fonction publique.

Le médecin adresse au président du conseil médical un résumé de ses observations et toute pièce justifiant la situation du fonctionnaire.

Si la demande de congé est présentée au cours d'un congé antérieurement accordé dans les conditions prévues à l'article L. 822-1 du même code, la première période de congé de longue maladie ou de longue durée part du jour de la première constatation médicale de la maladie dont est atteint le fonctionnaire.

Le congé de longue maladie ou le congé de longue durée peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de six mois, sur présentation d'un avis d'arrêt de travail établi selon les modalités fixées par le premier alinéa de l'article 25.

Pour obtenir le renouvellement d'un congé de longue maladie ou d'un congé de longue durée au terme d'une période en cours, le fonctionnaire adresse à l'administration un certificat médical de son médecin spécifiant que le congé initialement accordé doit être prolongé et précisant la durée de cette prolongation dans le respect des périodicités prévues au premier alinéa du présent article.

Lorsque le congé de longue maladie ou le congé de longue durée a été octroyé dans le cadre de l'article 34 du présent décret, l'administration fait procéder, au terme de chaque période, à l'examen médical de l'intéressé. Le renouvellement est accordé au vu de l'avis du médecin agréé.

L'administration fait procéder à examen du fonctionnaire par un médecin agréé au moins une fois par an. Le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, à cet examen.

L'administration peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée par toute personne dûment habilitée à cet effet.

Ce contrôle porte sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s'il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées selon les modalités prévues à l'article R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale.

L'absence injustifiée du fonctionnaire ou le refus du contrôle entraine l'interruption du versement de sa rémunération jusqu'à la date de fin de cet arrêt.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

A l'issue de chaque période de congé de longue maladie ou de longue durée, le traitement ou la fraction de traitement perçu pendant ces congés ne peut être payé au fonctionnaire qui ne reprend pas son service qu'autant que celui-ci a demandé et obtenu le renouvellement de ce congé.

Dans le cas du congé de longue maladie, s'ajoutent à ce traitement ou à cette fraction de traitement les primes et indemnités maintenues selon les modalités prévues à l'article 2-1 du décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés.

Dans le cas du congé de longue durée, s'ajoutent à ce traitement ou cette fraction de traitement les avantages familiaux et la totalité ou la moitié des indemnités accessoires, à l'exclusion de celles qui sont attachées à l'exercice des fonctions ou qui ont le caractère de remboursement de frais.

Ceux des fonctionnaires qui percevaient une indemnité de résidence au moment où ils sont placés en congé en conservent le bénéfice dans son intégralité, s'il est établi qu'eux-mêmes, leur conjoint ou leurs enfants à charge continuent à résider dans la localité où ils habitaient avant leur mise en congé de longue maladie ou de longue durée.

Dans le cas où les intéressés ne réuniraient pas les conditions exigées pour bénéficier de la disposition précédente, ils peuvent néanmoins percevoir une indemnité de résidence. Celle-ci, qui ne peut en aucun cas être supérieure à celle que les agents percevaient lorsqu'ils étaient en fonctions, est la plus avantageuse des indemnités afférentes aux localités où eux-mêmes, leur conjoint ou les enfants à leur charge résident habituellement, depuis la date de la mise en congé.

Quand le bénéficiaire du congé de longue maladie ou de longue durée bénéficiait d'un logement dans les immeubles de l'administration, il doit quitter les lieux dans les délais fixés par l'administration, si sa présence fait courir des dangers au public ou à d'autres agents de l'Etat ou offre des inconvénients pour la marche du service notamment en cas de remplacement.

Le bénéficiaire d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée doit cesser tout travail rémunéré, à l'exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation et des activités mentionnées à l'article L. 123-2 du code général de la fonction publique.

En cas de non-respect de cette obligation, l'administration procède à l'interruption du versement de la rémunération et prend les mesures nécessaires pour faire reverser les sommes indûment perçues par l'intéressé au titre du traitement et des accessoires.

La rémunération est rétablie à compter du jour où l'intéressé a cessé toute activité rémunérée non autorisée.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Le fonctionnaire en congé de longue maladie ou en congé de longue durée informe l'administration de tout changement de domicile et, sauf en cas d'hospitalisation, de toute absence du domicile supérieure à deux semaines. Il informe l'administration de ses dates et lieux de séjour.
A défaut, le versement de la rémunération du fonctionnaire peut être interrompu.
Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été suspendu compte dans la période de congé en cours.

Le temps passé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée avec traitement ou fraction de traitement ou pendant une période durant laquelle le versement du traitement a été interrompu en application des articles 39 et 44 du présent décret est valable pour l'avancement à l'ancienneté et entre en ligne de compte dans le minimum de temps valable pour pouvoir prétendre au grade supérieur. Il compte également pour la détermination du droit à la retraite et donne lieu aux retenues pour constitution de pension civile.

Le bénéficiaire d'un congé de longue maladie ou de longue durée doit, pour pouvoir reprendre ses fonctions, produire un certificat médical d'aptitude à la reprise. Dans les situations prévues aux 3° et 4° du I de l'article 7, il ne peut reprendre son service sans avis favorable du conseil médical compétent.

Au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant trente jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut saisir le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation. Le fonctionnaire est assisté durant cette phase par une personne de son choix.

Sous réserve d'avoir obtenu l'avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétence afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L'autorité compétente se prononce sur cette demande dans un délai de trente jours.

Dans les situations où le conseil médical est saisi sur l'aptitude à la reprise de l'agent, si le fonctionnaire est reconnu apte à exercer ses fonctions, il reprend son activité. Si le fonctionnaire est reconnu inapte à exercer ses fonctions, le congé continue à courir ou est renouvelé pour une nouvelle période sous réserve des droits restants.
A l'expiration de la dernière période de congé rémunéré, il appartient au conseil médical de se prononcer sur l'aptitude du fonctionnaire à reprendre ses fonctions. S'il est présumé définitivement inapte, le conseil médical se prononce également sur l'application de l'article 47 du présent décret.

Tout fonctionnaire bénéficiant d'un congé de longue maladie ou de longue durée doit, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, se soumettre aux visites de contrôle prescrites par le médecin agréé ou le conseil médical.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a pu être interrompu compte dans la période de congé

Le refus répété et sans motif valable de se soumettre au contrôle prévu au premier alinéa peut entraîner, après mise en demeure, la perte du bénéfice du congé de longue maladie ou de longue durée.

L'examen médical du fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut être effectué à distance, au moyen d'un dispositif utilisant les technologies de l'information et de la communication. Cet examen se déroule dans les conditions fixées par les articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du code de la santé publique.

Le fonctionnaire ne pouvant, à l'expiration de la dernière période de congé de longue maladie ou de longue durée, reprendre son service est soit admis au bénéfice de la période de préparation au reclassement ou reclassé dans un autre emploi, en application du décret n° 84-1051 du 30 novembre 1984 relatif au reclassement des fonctionnaires de l'Etat reconnus inaptes à l'exercice de leurs fonctions, soit mis en disponibilité, soit admis à la retraite après avis d'un conseil médical.
Pendant toute la durée de la procédure requérant l'avis du conseil médical, le fonctionnaire est placé, à titre provisoire, dans la position de disponibilité pour raison de santé prévue par l'article 48. Il perçoit une indemnité égale au montant du traitement et, le cas échéant, des primes et indemnités qu'il percevait à l'expiration de la dernière période de congé de longue maladie ou de longue durée. Cette indemnité est versée au fonctionnaire jusqu'à la date de la décision de reprise de service, de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.
Lorsque l'instruction de son dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de cette indemnité, à cet examen.
Cette indemnité reste acquise au fonctionnaire placé en disponibilité à l'issue de la procédure requérant l'avis du conseil médical. La part de cette indemnité excédant le montant de la rémunération du fonctionnaire admis à reprendre son service ou reclassé ou celui de la pension du fonctionnaire admis à la retraite reste également acquise à l'agent.