Le chef d'établissement des collèges et des lycées mentionnés à l'article 48 représente l'Etat au sein de l'établissement.
Il préside le conseil d'établissement et les différentes instances de l'établissement.
Le chef d'établissement prépare les travaux du conseil d'établissement et exécute ses délibérations, il soumet au conseil d'établissement les mesures à prendre dans les domaines définis à l'article 2.
Le chef d'établissement exerce également les compétences prévues aux a, b, c, d et e du 2° de l'article 8.
En cas de difficultés graves dans le fonctionnement de l'établissement et s'il y a urgence, le chef d'établissement exerce les compétences prévues à l'article 9. Dans ce cas il expose, dans les meilleurs délais, au conseil d'établissement les décisions prises et en rend compte à l'autorité académique et à la collectivité locale.
En cas d'empêchement ou d'absence du chef d'établissement, sa suppléance est assurée dans les conditions prévues à l'article 10, exceptées celles fixées aux deuxième et cinquième alinéas.

Le conseil d'établissement des collèges et des lycées mentionnés à l'article 48 est composé conformément aux dispositions des articles 12 et 13. Toutefois la représentation des collectivités locales concerne exclusivement la collectivité qui assure la gestion financière de l'établissement. Cette représentation est fixée par la collectivité locale et est au plus égale à quatre ou trois membres selon que le conseil d'établissement doit comprendre 30 ou 24 membres. En outre lorsque le conseil d'établissement comprend une personnalité qualifiée celle-ci est désignée par la collectivité qui assure la gestion financière de l'établissement. Si le conseil d'établissement comprend deux personnalités qualifiées, l'une est désignée, sur proposition du chef d'établissement, par l'inspecteur d'académie, directeur des services départementaux de l'éducation l'autre par la collectivité qui assure la gestion financière de l'établissement.
Les membres du conseil d'établissement sont désignés conformément aux dispositions des articles 17 à 24. Les dispositions de l'article 25 relatives à la convocation et à la réunion du conseil d'administration sont applicables au conseil d'établissement des établissements municipaux ou départementaux.
La commission permanente et le conseil des délégués des élèves sont composés conformément aux articles 26 et 28 et exercent les compétences prévues aux articles 27 et 29.

Dans les établissements mentionnés à l'article 48, le conseil d'établissement, sur le rapport du chef d'établissement, exerce les compétences prévues aux 1°, 2°, 3° et aux a, b, d du 6° de l'article 15 ainsi qu'au 8° de l'article 15 en tant qu'elles ne concernent pas le fonctionnement matériel de l'établissement. Sur la saisine du chef d'établissement, le conseil d'établissement émet un avis sur les questions prévues aux a, b, c de l'article 15-1. Le conseil d'établissement peut, à son initiative, adopter tous voeux sur les questions intéressant la vie de l'établissement.
Le conseil d'établissement est tenu informé chaque année du montant des crédits prévus pour le fonctionnement de l'établissement, ainsi que des dépenses effectuées au cours de l'exercice écoulé.

Le ministre de l'éducation nationale ou l'autorité académique habilitée à cet effet autorise la conduite de recherches et d'expériences pédagogiques par les établissements visés à l'article 48. Si elles ont des incidences financières pour la collectivité, elles sont subordonnées à l'accord de celle-ci.

Les délibérations du conseil d'établissement des établissements visés à l'article 48 sont exécutoires quinze jours après leur transmission à l'autorité académique par le chef d'établissement. Le chef d'établissement transmet également à l'autorité académique les actes qu'il prend lorsque ceux-ci ont trait au contenu ou à l'organisation de l'action éducatrice.
Dans le délai de quinze jours à dater de leur transmission, l'autorité académique peut prononcer s'ils sont contraires aux lois et règlements ou de nature à porter atteinte au fonctionnement du service public, l'annulation des délibérations mentionnées ci-dessus et relatives au contenu ou à l'organisation de l'action éducatrice.

Les modalités d'organisation de la médecine de soins dans les établissements d'enseignement relèvent de la compétence et de la responsabilité de ceux-ci.