Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est assuré dans les conditions fixées par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, compte tenu des modalités particulières ci-après.

L'état des prévisions de recettes et de dépenses est établi pour la période de douze mois commençant le 1er janvier. Il fait apparaître sous deux sections distinctes les opérations relatives à l'exploitation et les opérations en capital. Il est présenté selon un modèle arrêté par le ministre chargé du budget et divisé en chapitres qui ne doivent comprendre que des dépenses ou des recettes de même nature.
Les opérations en capital peuvent donner lieu à des prévisions d'exécution échelonnées sur plusieurs années sous forme d'autorisations de programmes limitatives, individualisées par opérations ou groupes d'opérations.
L'état est accompagné de toutes justifications, et notamment de tableaux analytiques faisant ressortir les effectifs des personnels de toute nature et l'état d'avancement des opérations d'équipement.
Les crédits ont un caractère soit évaluatif, soit limitatif. L'arrêté prévu à l'article 28 ci-après détermine la ventilation des crédits selon cette distinction.

Le président du conseil d'administration de l'office est ordonnateur principal.
Des ordonnateurs secondaires peuvent être institués par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la défense.

L'agent comptable de l’office est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la défense après avis du conseil d’administration.
Sa rémunération est fixée par le ministre chargé du budget.
Des agents comptables secondaires peuvent être désignés par le président du conseil d’administration de l’office sur proposition de l’agent comptable.

Le contrôle de la gestion financière de l’office est exercé, sous l’autorité du ministre chargé du budget, par un contrôleur d’Etat.
Un arrêté du ministre chargé du budget précise les modalités suivant lesquelles s'exerce ce contrôle.

Le compte financier de l’office, accompagné du rapport du conseil d’administration sur les résultats de l’exercice ainsi que du rapport annuel du contrôleur d’Etat, est adressé à la Cour des comptes par l’intermédiaire du ministre chargé du budget.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de la défense et du ministre chargé du budget précise en tant que de besoin les modalités de fonctionnement financier et comptable de l’office.