Le conseil d'administration de l'agence comprend vingt-six membres désignés de la façon suivante :
Sept représentants de l'Etat, désignés respectivement sur proposition de chacun des ministres chargés de l'intérieur, de l'économie et des finances, de la santé, de l'urbanisme, de l'agriculture, de l'industrie et de l'environnement ;
Sept représentants des collectivités locales : quatre, dont un qui soit membre de conseil régional, désignés sur proposition de l'association des maires de France et trois, dont un membre de conseil régional, désignés sur proposition de l'association des présidents de conseils généraux ;
Sept représentants des différentes catégories de personnes intéressées par l'élimination et la récupération des déchets ;
Cinq représentants des salariés de l'agence élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983.
Le ministre chargé de l'environnement nomme, par arrêté publié au Journal officiel, les membres du conseil d'administration désignés comme il est dit ci-dessus, à l'exception des représentants des salariés.

La durée du mandat des membres du conseil est de cinq ans.
Toutefois, le mandat de ceux qui en font partie en raison des fonctions qu'ils exercent prend fin à l'expiration de ces fonctions. En cas de vacance, par suite de démission ou pour toute autre cause, il est pourvu à la désignation du ou des nouveaux membres dans le délai de trois mois. Tout membre désigné pour remplacer un membre du conseil exerce son mandat jusqu'à l'expiration du mandat de son prédecesseur.
Le mandat des membres du conseil d'administration est renouvelable.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret parmi les membres de celui-ci sur proposition du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de l'environnement.

Les membres du conseil d'administration bénéficient du remboursement des frais de déplacement ou de séjour effectivement supportés par eux dans l'exercice de leurs fonctions dans les conditions et selon les taux fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de l'économie et des finances. En outre, chaque représentant des salariés dispose d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de son mandat.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Le président est tenu de convoquer le conseil si le ministre chargé de l'environnement, le directeur de l'agence ou la majorité de ses membres le demandent.
Le directeur, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, un membre du conseil ne pouvant représenter qu'un seul autre membre, appartenant à la même catégorie. Toutefois, si ce quorum n'est pas atteint, le conseil, à nouveau convoqué, dans les délais prévus par son règlement intérieur et sur le même ordre du jour, peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage, la voix du présent est prépondérante.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Ses délibérations portent notamment sur les objets suivants :
1° Les mesures relatives à l'organisation de l'agence ;
2° Le programme général des interventions de l'agence ;
3° L'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses ;
4° Le rapport annuel d'activité et le compte financier ;
5° La fixation et l'affectation des résultats de l'exercice ;
6° Les prises, extensions ou cessions de participations financières ;
7° L'approbation des projets de construction, d'achat ou vente d'immeubles, constitutions d'hypothèques ou de droits réels, projets de baux et locations d'immeubles ;
8° Les conditions générales des contrats et conventions passés par l'agence ;
9° Les conditions générales d'attribution de subventions ou de prêts aux personnes publiques et privées dans les conditions prévues à l'article 3 ;
10° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
11° Les emprunts ;
12° Les actions en justice ;
13° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel ;
14° Toutes autres questions se rapportant à l'objet de l'agence qui pourraient lui être soumises par le ministre chargé de l'environnement, par le ministre chargé de l'industrie ou par le directeur de l'agence.

Les délibérations sont exécutoires par elles-mêmes sauf si le ministre chargé de l'environnement y fait opposition dans le délai de trente jours à compter de la réception de la délibération. Lorsqu'elles portent sur des actions de récupération, les délibérations sont transmises également au ministre chargé de l'industrie qui peut y faire opposition dans le même délai.
Lorsqu'elles portent sur l'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses, le compte financier, les conditions générales d'attribution de subventions et de prêts, les emprunts, les prises, extensions ou cessions de participations financières, les conditions générales de rémunération des agents, elles ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par le ministre de l'économie et des finances et par le ministre chargé de l'environnement.
A défaut de réponse dans le délai de deux mois à compter de la réception de la délibération, celle-ci est réputée approuvée.
Toutefois, pour les questions relatives au statut et aux salaires du personnel, ce délai court à partir de la date de réunion de la commission interministérielle de coordination des salaires.
Les décisions faisant opposition à une délibération ou refusant de l'approuver en exécution du présent article sont motivées.