Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Le président est tenu de convoquer le conseil si le ministre chargé de l'environnement, le directeur de l'agence ou la majorité de ses membres le demandent.
Le directeur, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, un membre du conseil ne pouvant représenter qu'un seul autre membre, appartenant à la même catégorie. Toutefois, si ce quorum n'est pas atteint, le conseil, à nouveau convoqué, dans les délais prévus par son règlement intérieur et sur le même ordre du jour, peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage, la voix du présent est prépondérante.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.