Outre les indemnités réglementairement attribuées aux officiers, le régime indemnitaire particulier des médecins, des pharmaciens chimistes, des vétérinaires biologistes et des chirurgiens-dentistes des armées comporte :

• une prime spéciale acquise aux médecins, aux pharmaciens chimistes, aux vétérinaires biologistes et aux chirurgiens-dentistes des armées dès leur nomination au premier grade de leur corps ;
• une prime afférente au premier niveau de qualification ;
• une prime afférente au deuxième niveau de qualification ;
• une prime afférente au troisième niveau de qualification ;
• une indemnité forfaitaire de garde médicale.

Pendant la première année de service au 1er échelon de leur grade, les pharmaciens chimistes, les vétérinaires biologistes et les chirurgiens-dentistes des armées perçoivent la prime spéciale à un taux réduit.
A partir du grade de médecin en chef, de pharmacien chimiste en chef, de vétérinaire biologiste en chef ou de chirurgien-dentiste en chef, les primes spéciale et de qualification sont perçues à un taux majoré.
Les primes spéciale et de qualification ne se cumulent pas entre elles.