Outre les indemnités réglementairement attribuées aux officiers, le régime indemnitaire particulier des médecins, des pharmaciens chimistes, des vétérinaires biologistes et des chirurgiens-dentistes des armées comporte :

• une prime spéciale acquise aux médecins, aux pharmaciens chimistes, aux vétérinaires biologistes et aux chirurgiens-dentistes des armées dès leur nomination au premier grade de leur corps ;
• une prime afférente au premier niveau de qualification ;
• une prime afférente au deuxième niveau de qualification ;
• une prime afférente au troisième niveau de qualification ;
• une indemnité forfaitaire de garde médicale.

Pendant la première année de service au 1er échelon de leur grade, les pharmaciens chimistes, les vétérinaires biologistes et les chirurgiens-dentistes des armées perçoivent la prime spéciale à un taux réduit.
A partir du grade de médecin en chef, de pharmacien chimiste en chef, de vétérinaire biologiste en chef ou de chirurgien-dentiste en chef, les primes spéciale et de qualification sont perçues à un taux majoré.
Les primes spéciale et de qualification ne se cumulent pas entre elles.

Les taux des primes spéciale et de qualification et de l'indemnité forfaitaire de garde médicale sont fixés par arrêté conjoint du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie, du ministre de la défense, du ministre de la fonction publique et de la réforme de l'Etat et de la secrétaire d'Etat au budget. Ils sont indexés sur la valeur du point fonction publique.
La prime spéciale est perçue à compter du premier jour du mois au cours duquel le droit est ouvert.
Les primes de qualification sont allouées en application des dispositions des articles 1er et 2 ci-dessus dans la limite de contingents fixés annuellement par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre de l'économie et des finances. Elles sont perçues à compter du premier jour du mois au cours duquel le droit est ouvert ; exceptionnellement, la perception peut en être différée pendant un an au maximum, les intéressés prenant alors rang sur une liste d'attente dans l'ordre d'accès au niveau de qualification considéré.
Ces primes sont payées mensuellement et réduites ou supprimées dans les mêmes conditions que la solde.
L'indemnité forfaitaire de garde médicale est allouée aux praticiens ayant effectué dans un hôpital des armées au cours d'un mois donné plus de trois gardes de douze heures consécutives, assurées les samedis, dimanches et jours fériés, et en semaine après 18 h 30. Cette indemnité, qui n'est pas divisible, est versée au titre de chacun des mois considérés et est payée mensuellement. Elle n'est pas versée lorsque les services de garde font l'objet d'une récupération.

La promotion de médecin chef des services, de pharmacien chimiste chef des services, de vétérinaire biologiste chef des services ou de chirurgien-dentiste chef des services entraîne de droit le bénéfice de la prime afférente au second niveau de qualification.

Dans les départements, territoires et Etats d'outre-mer, le montant établi en francs métropolitains des primes ci-dessus est, après multiplication par l'index de correction qui est applicable en matière de solde dans les départements, territoires ou Etats considérés pendant la période sur laquelle porte la liquidation, payé le cas échéant pour sa contre-valeur en monnaie locale d'après la parité en vigueur pendant cette période.

En ce qui concerne l'indemnité pour charges militaires, les indemnités pour frais de déplacement et toutes autres indemnités dont les conditions d'attribution sont déterminées en fonction des grades de la hiérarchie militaire générale, les médecins, les pharmaciens chimistes, les vétérinaires biologistes et les chirurgiens-dentistes des armées reçoivent, selon le grade détenu, ces indemnités aux taux respectivement prévus pour les :

• capitaines : médecins, pharmaciens chimistes, vétérinaires biologistes et chirurgiens-dentistes ;
• commandants : médecins principaux, pharmaciens chimistes principaux, vétérinaires biologistes principaux et chirurgiens-dentistes principaux ;
• lieutenants-colonels : médecins en chef, pharmaciens chimistes en chef, vétérinaires biologistes en chef et chirurgiens-dentistes en chef des trois premiers échelons ;
• colonels : médecins en chef, pharmaciens chimistes en chef, vétérinaires biologistes en chef et chirurgiens-dentistes en chef des deux derniers échelons et de l'échelon exceptionnel ;
• officiers généraux : médecins chefs des services, pharmaciens chimistes chefs des services, vétérinaires biologistes chefs des services et chirurgiens-dentistes chefs des services.