Le conseil d'administration comprend quarante membres:
a) Dix membres de droit :

• six représentants de l'Etat désignés par le ministre de l'agriculture ;
• trois représentants des collectivités territoriales sur le territoire desquelles est situé l'établissement, désignés respectivement par le conseil régional, le conseil général et le conseil municipal de la commune d'implantation, ou l'assemblée délibérante de l'établissement public de coopération intercommunale compétent ;
• le président de l'association des anciens élèves ou son représentant.

b) Dix personnalités, désignées par le ministre de l'agriculture, représentatives des professions et activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement.
Vingt membres élus :

• quatre représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ;
• quatre représentants du maître de conférences et des autres enseignants ;
• six représentants des élèves ;
• six représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité mixte de recherche à laquelle l'établissement participe.

Un arrêté du ministre de l'agriculture fixe les conditions dans lesquelles sont élus les membres énumérés au c.
Les membres du conseil d'administration décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés doivent être remplacés. Les nouveaux membres sont désignés pour la durée du mandat restant à courir des membres qu'ils remplacent.
Le directeur de l'école assiste de droit aux séances du conseil d'administration. Il peut se faire accompagner par ceux de ses collaborateurs dont il estime la présence utile compte tenu de l'ordre du jour de la réunion.
L'agent comptable assiste avec voix consultative aux délibérations du conseil d'administration et, le cas échéant, de la commission permanente. En cas d'empêchement, il s'y fait représenter.

La durée du mandat des membres du conseil est de trois ans, à l'exception de celui des représentants des élèves dont la durée est de une année.

Le conseil d'administration de l'école élit pour trois ans un président et un vice-président parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.
Il se réunit à l'initiative du directeur de l'école, qui arrête l'ordre du jour après concertation avec le président.
Il peut être également convoque par le directeur de l'école lorsque la demande en est formulée, par écrit, par deux tiers au moins des membres du conseil.
Le conseil d'administration de l'école ne peut valablement délibérer qu'en présence de la moitié au moins de ses membres.
Les membres empêchés d'assister à une séance du conseil peuvent déléguer leur pouvoir à un autre membre. Nul ne peut cumuler plus de deux pouvoirs.
Tout membre qui n'aura pas été effectivement présent à trois séances consécutives du conseil sera considéré comme démissionnaire et sera remplacé dans les mêmes conditions que les membres démissionnaires.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents et des membres pour lesquels les membres présents ont valablement reçu délégation.
Peut être appelée à assister aux séances toute personne que le conseil d'administration ou le directeur de l'école estime utile d'entendre en fonction de l'ordre du jour.
La commission permanente, dans la limite des délégations de pouvoirs qui lui sont consenties par le conseil d'administration, prend des délibérations ayant même portée que celles du conseil plénier auquel elle rend compte à la plus prochaine séance de celui-ci.
Le conseil d'administration arrête la composition de la commission permanente. Il en désigne chaque année les membres.
Indépendamment du président du conseil d'administration qui la préside - ou en son absence du vice-président - la commission compte douze membres parmi lesquels doivent figurer au moins deux représentants de l'Etat, deux représentants des enseignants et deux représentants des élèves. Les titulaires empêchés peuvent être remplacés par les suppliants désignés en même temps et dans les mêmes conditions que les titulaires ; le directeur assiste de droit aux réunions.
Entre deux séances du conseil d'administration, la commission permanente se réunit à l'initiative du directeur de l'école en accord avec le président du conseil d'administration.

Le conseil d'administration de l'école, sur rapport du directeur et après proposition ou avis des différentes instances consultatives de l'école pour les problèmes de leur compétence, prend des délibérations exécutoires de plein droit :
Sur le programme de l'exploitation ;
Sur les baux et marchés qui, portant sur des sommes supérieures à la limite fixée pour les achats sur simple facture effectués par l'Etat, ont pour objet soit des achats d'animaux, d'instruments, engrais, semences et toutes autres fournitures nécessaires à l'exploitation, soit des ventes de récoltes ou d'objets mobiliers.

Dans les mêmes conditions que celles du précédent article, le conseil d'administration de l'école prend des délibérations exécutoires après approbation du ministre de l'agriculture :
Sur les projets des budgets primitif et additionnel de l'établissement ;
Sur le compte financier ;
Sur l'acquisition, l'aliénation et l'échange d'immeubles et de valeurs mobilières ;
Sur les emprunts ;
Sur les actions en justice, les transactions et les compromis ;
Sur la constitution et l'emploi du fonds de réserve ;
Sur l'acceptation des dons et legs faits à l'établissement ;
Sur les baux et marchés dont l'exécution s'étend sur plusieurs années ou qui, portant sur des sommes supérieures à la limite fixée pour les achats sur simple facture effectués par l'Etat, sont relatifs à des objets autres que ceux visés ci-dessus.

Dans les mêmes conditions que celles de l'article 9 et dans le cadre des directives d'orientations fixées par le ministre de l'agriculture :
a) Il fait au ministre de l'agriculture des propositions de règlement intérieur de l'école ;
b) Il établit et soumet à l'approbation du ministre le programme général d'enseignement de l'école, et notamment la liste des différents enseignements conduisant au diplôme délivré par l'école ainsi que l'importance relative donnée à ces différents enseignements ;
c) Il arrête les programmes des enseignements de chaque chaire ou département ;
d) Dans le cadre du budget de l'établissement il peut instituer des enseignements autres que ceux qui conduisent à l'attribution du diplôme de l'école, notamment au titre de la formation permanente ;
e) Il soumet à l'approbation du ministre de l'agriculture les principes suivant lesquels les études seront sanctionnées en vue de la délivrance des diplômes et des titres accordés par le ministre ;
f) Il arrête la liste des départements d'enseignement et de recherche et décide de leur création ou leur suppression ;
g) Il propose au ministre la création ou la transformation des postes d'enseignants en déterminant la nature et le nombre, et la création ou la transformation des emplois administratifs et de service en en déterminant la nature et le nombre ;
h) Il est habilité à établir des liaisons avec les organismes d'études et de recherche et les organismes de développement ;
i) Il saisit le conseil de l'enseignement et de la pédagogie et le conseil des enseignants de toute question qu'il estime intéresser utilement le fonctionnement de l'établissement et son rayonnement et dont la mise à l'étude lui semble nécessaire. Pour l'examen des mêmes problèmes il peut en outre constituer en son sein des groupes de travail qui doivent, dès la fin de leurs travaux, lui en rendre compte.

Il peut être appelé à donner son avis sur les programmes de préparation au concours d'entrée de l'école.

Il nomme une commission composée de membres du conseil aux fins de contrôler les élections des représentants élus des personnels et des élèves au sein des différents conseils de l'établissement.

Il définit les modalités de fonctionnement de la commission qui, sous la présidence du directeur de l'école, siège et statue sur le cas des élèves en matière disciplinaire pour tous motifs autres que ceux ayant trait à la sanction des études. Il en désigne les membres chaque année.

Il établit les projets de programmes pluriannuels d'équipement et de travaux à réaliser dans le cadre du budget de l'établissement.
Au moins deux fois par an, il est tenu informé par le directeur de la marche de l'établissement et peut émettre tous voeux en la matière.