Principe général de gouvernance
L'UBE est gérée de façon démocratique avec le concours de l'ensemble des personnels de l'UBE, des personnels des établissements-composantes, des étudiants et de personnalités extérieures.
Le président de l'UBE par ses décisions, le conseil des chefs d'établissements par ses avis, le conseil d'administration par ses délibérations et le conseil académique, par ses délibérations et avis, assurent l'administration de l'UBE.
L'UBE est également dotée d'un comité d'orientation stratégique.
Les services de l'UBE sont placés sous l'autorité de la direction générale des services.

Principes généraux des relations entre l'UBE et ses établissements-composantes
Les établissements-composantes participent à la gouvernance et sont représentés au conseil d'administration de l'établissement dans les conditions définies aux présents statuts. Conformément à l'article 44 des présents statuts, l'ensemble des étudiants inscrits en leur sein et à l'UBE et de leurs personnels est électeur et éligible aux instances centrales de l'UBE, ainsi que dans les autres instances dans lesquelles ils sont impliqués.

Principes généraux des relations entre l'UBE et ses établissements associés
Les établissements associés de l'UBE sont invités aux instances dans lesquelles ils sont impliqués par leur participation aux formations, aux activités de recherche, à la vie étudiante et au lien avec le monde socio-économique. Ils coordonnent leurs actions de formation, de recherche, d'innovation et de valorisation, et celles concernant la vie étudiante avec la stratégie de l'UBE. La coordination se définit comme la recherche consensuelle de collaborations, de synergies et d'harmonisations constituant une plus-value pour l'UBE et ses établissements associés, au service des axes stratégiques de l'UBE. Elle suppose l'information régulière des instances adéquates de l'UBE sur les actions et les projets en lien avec le secteur de compétence considéré.

Principes généraux des relations entre l'UBE et ses établissements partenaires
Les établissements partenaires de l'UBE sont invités aux commissions préparatoires aux conseils centraux telles que définies dans le règlement intérieur de l'UBE, dans lesquelles ils sont impliqués par leur participation aux formations, aux activités de recherche, à la vie étudiante et au lien avec le monde socio-économique.
Les établissement partenaires contribuent, à travers leur participation à l'UBE, au développement et à l'attractivité de l'enseignement supérieur et de la recherche sur le site. Dans ce cadre, la participation de chaque établissement partenaire sera définie au cas par cas en fonction des activités et des projets dans le cadre d'une convention spécifique, portant notamment sur la vie et l'engagement étudiant, la diffusion scientifique, et l'accès à l'enseignement supérieur.
Le CROUS BFC est associé à l'élaboration du schéma de la vie étudiante de l'UBE. Réciproquement, l'UBE est associée à l'élaboration du schéma de la vie étudiante élaboré à l'échelle de la région académique par le CROUS BFC.

Convention entre l'UBE et ses établissements-composantes et les établissements associés
Pour chaque établissement-composante et établissement associé, une convention est conclue entre, d'une part, l'UBE et, d'autre part, l'établissement-composante ou l'établissement associé concerné et si nécessaire, la personne morale assurant sa tutelle ou dont cet établissement-composante ou établissement associé dépend.
Cette convention a pour objet de fixer les règles régissant les relations entre l'UBE et l'établissement-composante ou l'établissement associé dans le respect des présents statuts.

Participation à la gouvernance des établissements-composantes et des établissements associés
Le président de l'UBE ou son représentant siège au conseil d'administration de l'établissement-composante, ou de l'organe en tenant lieu, avec voix consultative. Il est également invité permanent du conseil d'administration de l'établissement associé ou de l'organe en tenant lieu sauf disposition législative ou réglementaire contraire. Pour les établissements associés dont l'implantation dépasse le périmètre régional, l'organe adéquat peut, par exemple, être celui régissant la stratégie de l'établissement sur le site régional de la Région Bourgogne-Franche-Comté.