Le conseil des chefs d'établissement
Le conseil des chefs d'établissements de l'UBE regroupe les directeurs des établissements-composantes, des établissements associés et partenaires ou leur représentant. Il participe à la préparation et à la mise en œuvre des décisions du conseil d'administration et du conseil académique. Il est présidé par le président de l'UBE ou son représentant.
Il a vocation à éclairer, en amont des décisions, les instances et la direction de l'UBE sur les sujets relevant du budget, de la politique d'emplois, de la stratégie et du projet d'établissement. Pour cela, il se réunit autant que nécessaire.
Le conseil des chefs d'établissement peut demander la constitution de groupes de travail thématiques ad hoc dans lesquels des représentants de l'UBE et de chaque établissement-composante et établissement associé qui le souhaiteraient pourraient participer. Ces groupes de travail auront pour objectif de construire une stratégie associée à un plan d'action au sujet de la thématique donnée. Ces travaux seront ensuite soumis à approbation du conseil, puis pourront être proposés à la délibération du conseil d'administration.
Le président peut inviter au conseil, pour un point particulier de l'ordre du jour, toute personne susceptible de l'éclairer, dont notamment les vice-présidents de l'UBE.
Le conseil des chefs d'établissement se réunit en formation élargie aux organismes nationaux de recherche sur convocation du président. Celui-ci en définit l'ordre du jour.

Le comité d'orientation stratégique
Il est composé de quatre à huit personnes, dont moitié au moins de personnalités internationales scientifiques et de moitié au plus de personnalités issues du monde socio-économique et culturel. Les membres du comité d'orientation stratégique sont nommés par le conseil d'administration sur proposition du président, et après discussion en conseil des chefs d'établissements. Les membres du comité d'orientation stratégique sont nommés pour la durée du mandat du président de l'UBE. Ce conseil, dont le rôle est consultatif, est saisi par le président de l'UBE de questions liées aux orientations stratégiques de l'UBE. Il se réunit sur convocation du président de l'UBE et produit des recommandations qui sont transmises au conseil d'administration et au conseil académique.