Les décisions relatives aux licences d'exploitation, notamment leur délivrance, leur transformation en licence temporaire, leur suspension et leur retrait, sont prises par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.

Les dispositions des paragraphes 1 et 2 de l'article 5 et des paragraphes 4 à 6 de l'article 8 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008 établissant des règles communes pour l'exploitation de services aériens dans la Communauté s'appliquent aux transporteurs aériens effectuant des transports aériens publics au moyen exclusivement d'aéronefs de moins de vingt sièges ou dont la masse maximale au décollage est inférieure à 10 tonnes dès lors que leur chiffre d'affaires annuel est supérieur à trois millions d'euros ou qu'ils exploitent des services réguliers.

Pour l'application des dispositions du second alinéa de l'article L. 6412-2, les transports aériens de passagers, de fret ou de courrier mentionnés au 3 de l'article 3 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008 ne nécessitent l'obtention d'une licence d'exploitation que si la capacité d'emport, équipage compris, des aéronefs utilisés est supérieure selon les cas :
1° Pour les aéronefs non entraînés par un organe moteur, à quatre personnes ou 400 kilogrammes de charge ;
2° Pour les vols locaux à :
a) Trois personnes lorsque le vol local est effectué au moyen d'un giravion ;
b) Cinq personnes dans les autres cas. Toutefois, les vols locaux effectués au moyen d'avions à turboréacteurs nécessitent dans tous les cas une licence d'exploitation.
Le vol local est, pour l'application du présent article, un vol sans escale dont les points de départ et d'arrivée sont identiques, au cours duquel l'aéronef ne s'éloigne pas à plus de quarante kilomètres de son point de départ et, sauf pour les aéronefs monoplaces ou biplaces faiblement motorisés dits ULM, d'une durée de moins de trente minutes entre le décollage et l'atterrissage.

En dehors des cas prévus par l'article R. 6221-13, la délivrance et la validité de la licence d'exploitation prévue par l'article L. 6412-2 est subordonnée, en ce qui concerne les garanties techniques, à la détention par l'entreprise de transport concernée d'un certificat de transporteur aérien en cours de validité ou au respect des conditions définies pour les activités de transport aérien commercial par le règlement (UE) 2018/1139 du Parlement européen et du Conseil du 4 juillet 2018 concernant des règles communes dans le domaine de l'aviation civile et instituant une Agence de l'Union européenne pour la sécurité aérienne.

Seule peut être titulaire d'une licence d'exploitation l'entreprise qui dispose d'un ou plusieurs aéronefs en propriété ou dans le cadre d'un contrat de location coque nue, qui exerce, à titre principal, une activité de transporteur aérien public, qui a son principal établissement et, le cas échéant, son siège social sur le territoire de la République.

Seule peut être titulaire d'une licence d'exploitation, l'entreprise qui est détenue, soit directement, soit par participation majoritaire, par des Etats membres de l'Union européenne ou parties à l'accord sur l'Espace économique européen ou à tout autre accord ayant la même portée en matière de transport aérien, ou par des ressortissants de ces Etats. Les sociétés dont les titres sont admis aux négociations sur un marché réglementé, notamment, doivent être en mesure à tout moment d'établir qu'elles sont effectivement contrôlées par ces Etats ou leurs ressortissants.
Toute entreprise exerçant directement ou indirectement le contrôle effectif d'un transporteur aérien doit satisfaire aux conditions prévues à l'alinéa précédent.

Les transporteurs aériens titulaires d'une licence d'exploitation délivrée par la France ne peuvent exercer une activité de transport aérien public qu'au moyen d'aéronefs inscrits au registre d'immatriculation français. Toutefois, un arrêté du ministre chargé de l'aviation civile fixe, sans préjudice des dispositions de l'article 13 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008, les conditions dans lesquelles des aéronefs immatriculés dans les Etats membres de l'Union européenne autres que la France ou dans les Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen ou à tout autre accord ayant la même portée en matière de transport aérien peuvent être autorisés à être exploités par le ministre chargé de l'aviation civile.

La délivrance et la validité d'une licence d'exploitation sont subordonnés au respect de conditions d'honorabilité et d'absence de faillite par les personnes qui assurent la direction permanente et effective de l'entreprise de transport aérien, selon les modalités prévues par l'article 7 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008.
Les ressortissants français ou les ressortissants des Etats membres de l'Union européenne ou partie à l'accord sur l'Espace économique européen ou à tout autre accord ayant la même portée en matière de transport aérien dont la résidence permanente est située en France sont réputés remplir ces conditions lorsqu'ils n'ont pas fait l'objet d'une procédure de faillite personnelle ou d'une condamnation définitive mentionnée au bulletin n° 2 de leur casier judiciaire ou sur une pièce équivalente et entraînant l'interdiction d'exercer une activité professionnelle ou sociale.

La délivrance et la validité d'une licence d'exploitation sont subordonnées au respect des exigences en matière d'assurances définies par le règlement (CE) n° 785/2004 du Parlement européen et du Conseil du 21 avril 2004 relatif aux exigences en matière d'assurance applicables aux transporteurs aériens et aux exploitants d'aéronefs et à l'article 11 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008.

Les décisions relatives aux licences d'exploitation délivrées conformément à l'article R. 6412-4 sont prises dans les conditions prévues par les dispositions des paragraphes 1 et 2 de l'article 3, du deuxième paragraphe de l'article 6, des paragraphes 1, 3 et 7 de l'article 8, des paragraphes 2 à 6 de l'article 9 et du paragraphe 1 de l'article 10 du règlement (CE) n° 1008/2008 du Parlement européen et du Conseil du 24 septembre 2008.
Des garanties financières et morales peuvent, en outre, être demandées dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 6412-2, la licence d'exploitation est délivrée, transformée en licence temporaire, suspendue et retirée par arrêté du préfet de région du lieu du principal établissement de l'entreprise :
1° Soit lorsque l'entreprise intéressée exploite exclusivement des aéronefs d'une masse maximale au décollage inférieure à 10 tonnes ou d'une capacité inférieure à vingt sièges sauf si cette entreprise exploite des services réguliers internationaux ;
2° Soit lorsque l'exploitation des services aériens est subordonnée à la détention d'une licence d'exploitation en application du deuxième alinéa de l'article L. 6412-2.
Le préfet de région compétent pour délivrer la licence d'exploitation à un transporteur aérien est également compétent pour accorder à ce transporteur l'autorisation d'utiliser un aéronef immatriculé à l'étranger dans les conditions fixées par l'article R. 6412-8, sans que les dispositions de ce dernier article relatives à la compétence du ministre chargé de l'aviation civile n'y fassent obstacle.