Les dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 susvisé sont applicables à l'autorité, à l'exception du II de l'article 215, des alinéas 2 et 3 de l'article 216, des articles 217 et 218 et des dispositions relatives au contrôle budgétaire et, sauf disposition contraire précisée par le règlement comptable et financier mentionné à l'article 3, des dispositions relatives à la comptabilité budgétaire.
L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre.
Les délibérations de l'autorité relatives au budget et à ses modifications sont adressées pour information au Premier ministre et au ministre chargé du budget.

L'autorité est dotée d'un comptable public qui porte le titre d'agent comptable, nommé par arrêté conjoint du Premier ministre et du ministre chargé du budget, après avis du président de l'autorité.

Les recettes de l'autorité sont :

- les subventions de toute nature ;
- les ressources propres ;
- toutes autres recettes prévues par les lois et règlements.

Les crédits inscrits au budget sont présentés sous la forme de trois enveloppes regroupant :
1° Les dépenses de personnel, qui comprennent :
a) Les rémunérations d'activité ;
b) Les cotisations et contributions sociales ;
c) Les prestations sociales et allocations diverses ;
2° Les dépenses de fonctionnement ;
3° Les dépenses d'investissement.

Les frais occasionnés par les déplacements et les séjours des membres et des personnels de l'autorité sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.