L'organisation territoriale de la défense à Mayotte est régie par les dispositions des articles R. 1211-8 à R. 1211-10 et D. 1212-8 à D. 1212-16.

Pour l'application de la partie 1 à Mayotte :
1° Au 5° de l'article R. 1332-13, les mots : « les préfets de départements » et, au septième alinéa de l'article R. 1332-15, les mots : « un préfet de département » sont remplacés par les mots : « le préfet de Mayotte ou l'administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises » et, au dernier alinéa de l'article R. 1332-15, les mots : « d'un préfet de département » sont remplacés par les mots : « du préfet de Mayotte ou de l'administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises » ;
2° A l'article R. 1333-3 et au 1° du V de l'article R. 1333-17, les mots : « le ministre de l'intérieur » sont remplacés par les mots : « le ministre chargé de l'outre-mer » ;
3° Au 6° du I de l'article R. 1333-4, les mots : « du ministre chargé de l'énergie » sont remplacés par les mots : « du ministre chargé de l'énergie et du ministre chargé de l'outre-mer » ;
4° A l'article R. 1333-9-1, les mots : « au ministre chargé de l'énergie » sont remplacés par les mots : « au ministre chargé de l'énergie et au ministre chargé de l'outre-mer » et les mots : « le ministre chargé de l'énergie peut » sont remplacés par les mots : « le ministre chargé de l'énergie et le ministre chargé de l'outre-mer peuvent » ;
5° A l'article R. 1333-18, les mots : « et des ministres chargés de l'énergie et des transports » sont remplacés par les mots : « et des ministres chargés de l'énergie, des transports et de l'outre-mer ».

Les deuxième et troisième alinéas de l'article R.* 1311-25 sont remplacés par les dispositions suivantes :
« Ce comité comprend les préfets des collectivités intéressées, le directeur régional des finances publiques dont la circonscription comprend le chef-lieu de la zone de défense et de sécurité, l'officier général commandant supérieur, l'officier commandant la gendarmerie au siège de la zone de défense et de sécurité, le chef d'état-major de zone de défense et de sécurité, s'il y a lieu les commandants des forces, le commandant territorial de la gendarmerie, le ou les chefs de service de la police nationale désignés à cet effet par le préfet de zone de défense et de sécurité. »

Pour leur application à Mayotte, les décisions et directives intéressant la défense dans le domaine économique mentionnées à l'article R. 1142-36 sont coordonnées, préparées et exécutées dans les conditions prévues aux articles D. 6112-3 à R.* 6112-5.