Les compétences mises en commun entre les deux établissements mentionnés à l'article 1er concernent les domaines de la recherche et de la formation, et plus particulièrement le domaine de la santé.

L'association a pour objectif de constituer à Paris un pôle de visibilité internationale dans le domaine des sciences biologiques et médicales, avec une forte dimension interdisciplinaire. Les deux établissements développent des projets communs et mènent des actions conjointes qu'ils définissent ensemble.

En matière de recherche, les publications scientifiques sont co-signées. Des échanges de personnels et l'accueil de stagiaires sont prévus. L'Institut Pasteur intègre le périmètre scientifique de l'université de Paris et son « Initiatives d'excellence » (IDEX). A ce titre, l'Institut Pasteur est éligible à l'ensemble des actions IDEX. Les laboratoires d'excellence (LABEX) portés par l'Institut Pasteur peuvent, à sa demande, être intégrés à l'IDEX. Les orientations scientifiques liées à ces projets sont décidées par l'Institut Pasteur après consultation de l'université de Paris. Cette dernière est également associée à l'évaluation par le Haut Comité de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur des départements scientifiques de l'Institut Pasteur.

En matière de formation, l'Institut Pasteur est rattaché aux écoles doctorales accréditées par l'université de Paris. Les équipes de l'Institut Pasteur sont éligibles aux contrats doctoraux de l'université de Paris. Des cours, programmes (master, diplôme universitaire, programme doctoral…) et enseignements numériques sont co-organisés. Les étudiants de l'université de Paris participent aux cours mis en place par l'Institut Pasteur qui est lui-même impliqué dans les formations dispensées par l'université de Paris. L'Institut Pasteur met en place des actions d'accompagnement des étudiants de master, des doctorants et des post-doctorants de l'université de Paris.

La dimension internationale de l'association entre l'université de Paris et l'Institut Pasteur est renforcée par le Réseau international des instituts Pasteur et les réseaux universitaires européens auxquels participe l'université de Paris.

Divers équipements sont mutualisés et des actions communes sont mises en place en matière de développement des applications de la recherche.