Tout gestionnaire de l'infrastructure doit être titulaire d'un agrément de sécurité, délivré par l'Etablissement public de sécurité ferroviaire, qui établit son aptitude à satisfaire aux exigences réglementaires de sécurité et à maîtriser les risques liés à la conception, la réalisation, l'entretien, et à l'exploitation de l'infrastructure ouverte à la circulation publique.

La délivrance de l'agrément de sécurité vaut approbation du système de gestion de la sécurité établi par le titulaire conformément aux articles 40 à 47.
L'agrément de sécurité renvoie aux procédures et aux dispositions satisfaisant aux exigences requises, afin de garantir la sécurité de l'infrastructure ferroviaire au niveau de la conception, l'entretien et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire, y compris, le cas échéant, l'entretien et l'exploitation du système de contrôle du trafic et de signalisation.

L'agrément de sécurité est valable pour une durée maximale de cinq ans et peut être renouvelé à la demande du gestionnaire de l'infrastructure.
Il est révisé en tout ou en partie à chaque modification substantielle des sous-systèmes « infrastructure », « signalisation » ou « énergie », ou des principes applicables à leur exploitation et à leur entretien. Le gestionnaire de l'infrastructure informe sans retard l'Etablissement public de sécurité ferroviaire de toute modification de ce type.
L'Etablissement public de sécurité ferroviaire peut exiger la révision de l'agrément de sécurité en cas de modification substantielle du cadre réglementaire en matière de sécurité.

L'Etablissement public de sécurité ferroviaire statue sans retard sur les demandes d'agrément de sécurité, et dans tous les cas au plus tard trois mois et deux semaines après la présentation par le demandeur de toutes les informations requises et de toute information complémentaire demandée.
Le silence gardé pendant trois mois et deux semaines par l'Etablissement public de sécurité ferroviaire sur une demande d'agrément de sécurité vaut décision de rejet. Ce délai ne court qu'à compter du moment où le dossier est complet. L'Etablissement public de sécurité ferroviaire fait connaître dans un délai d'un mois suivant la réception de la demande si celle-ci comporte ou non l'ensemble des pièces et documents requis. A défaut, le dossier est réputé complet au terme de ce délai.
La modification d'un agrément de sécurité ne modifie pas la durée de validité de l'acte.

L'Etablissement public de sécurité ferroviaire notifie à l'Agence, sans retard et dans tous les cas dans un délai de deux semaines, les agréments de sécurité délivrés, renouvelés, modifiés ou retirés. Il indique le nom et l'adresse du gestionnaire de l'infrastructure, la date de délivrance, le domaine d'application et la durée de validité de l'agrément de sécurité et, en cas de retrait, les motifs de sa décision.

Dans le cas d'une infrastructure transfrontalière, l'Etablissement public de sécurité ferroviaire coopère avec les autres autorités nationales de sécurité compétentes en vue de la délivrance des agréments de sécurité.

Un arrêté du ministre chargé des transports précise le contenu du dossier de demande, les modalités de délivrance, de renouvellement, de modification, de suspension et de retrait de l'agrément de sécurité, ainsi que la procédure relative aux agréments transfrontaliers.