Le régime financier et comptable de l'institut est fixé par les titres Ier et III du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret du 7 novembre 2012 susvisé. Les autres délibérations sont immédiatement exécutoires sauf intention exprimée en séance par l'un des représentants des ministres de tutelle d'exercer son droit d'opposition dans les quinze jours qui suivent la délibération.

L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de l'enseignement supérieur et du budget.