Les membres de la haute autorité perçoivent une indemnité forfaitaire pour chaque réunion à laquelle ils participent, dans la limite d'un plafond annuel. Ils peuvent également percevoir une indemnité forfaitaire pour chaque rapport dont ils sont chargés par le président.
Le taux de ces indemnités ainsi que leur plafond annuel sont fixés par arrêté conjoint du Premier ministre et du ministre chargé du budget.