Le règlement intérieur de l'établissement, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, précise notamment, les modalités d'élection du président d'université, et notamment les règles de dépôt des candidatures, le déroulement de la séance d'élection du président d'université et les modalités d'audition des candidats.
Il fixe également les règles de quorum, les modalités de délibérations du conseil d'orientation et du conseil d'université et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour de ces conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.
Sans préjudice des dispositions des articles 6 et 9, il définit la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant l'identification de leurs membres et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.