L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les ressources de l'institut comprennent :
1° Les dotations, subventions et autres versements de l'Etat, des collectivités publiques et de tous les organismes publics ou privés nationaux ou internationaux ;
2° Le produit de la vente des publications et de l'exploitation directe ou indirecte des matériels et droits de propriété intellectuelle ;
3° Le produit des prestations exécutées à titre onéreux par l'institut ;
4° Le remboursement des frais de scolarité et de stage ;
5° Les dons et legs ;
6° Les rémunérations et les participations liées aux programmes de recherche ;
7° Les revenus procurés par les participations financières, ainsi que les produits de leur cession ;
8° Le produit des taxes fiscales et des redevances ou taxes d'apprentissage instituées à son profit ;
9° Le produit des intérêts et du remboursement des avances consenties ;
10° Le produit des cessions d'actifs ;
11° Les revenus des biens meubles et immeubles ;
12° Toutes les autres recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les mêmes conditions, après avis de l'agent comptable principal.

La comptabilité analytique est tenue selon un plan établi par le directeur général et approuvé par les ministres de tutelle et le ministre du budget. Un rapport annuel de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle et au ministre du budget.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés aux membres du conseil d'administration, aux membres du conseil scientifique et technique et aux membres du comité de la filière forêt et bois dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.