L'établissement assure la gestion des immeubles appartenant à l'Etat qui sont mis à sa disposition. Il est maître d'ouvrage des travaux afférents à ces immeubles et supporte les coûts correspondants.
Le conseil d'administration approuve chaque année, en référence à une programmation pluriannuelle, le programme des travaux d'aménagement, d'entretien, de réparations et de restauration des immeubles mentionnés à l'alinéa précédent qui lui est soumis par un comité composé notamment du président de l'établissement public, du directeur chargé des musées de France, du directeur chargé du patrimoine ainsi que du directeur du patrimoine et des collections et de l'administrateur général de l'établissement ou de leurs représentants.