Le scrutin est ouvert le dimanche 29 mars 2009 à huit heures et clos à dix-huit heures.

Dans chaque bureau de vote, il est mis à la disposition des électeurs par l'administration, en nombre égal à celui des électeurs inscrits, une enveloppe électorale ainsi que deux bulletins de vote imprimés sur papier blanc, sur lesquels figurent les mentions : « République française », « Liberté, Egalité, Fraternité », « Consultation du dimanche 29 mars 2009 », dont l'un porte la réponse « OUI » et l'autre la réponse « NON ».
Les enveloppes et bulletins sont expédiés en mairie au plus tard le mardi 24 mars 2009.
Le format et les autres caractéristiques des bulletins sont fixés par arrêté du ministre de l'intérieur, de l'outre-mer et des collectivités territoriales.

Un exemplaire du procès-verbal recensant les résultats de chaque commune, la liste d'émargement et les pièces annexées sont transmis sans délai à la commission de contrôle de la consultation.
Pour les communes comportant plusieurs bureaux de vote, un exemplaire du procès-verbal et de la liste d'émargement de chaque bureau de vote, ainsi que les pièces annexées sont joints au procès-verbal du bureau centralisateur.

Le procès-verbal de recensement général des votes dressé par la commission de contrôle de la consultation est signé par l'ensemble de ses membres. La commission joint à ce procès-verbal les pièces annexes ainsi qu'un rapport contenant ses observations. Un exemplaire du procès-verbal et du rapport sont remis au préfet de Mayotte.
Les travaux de la commission sont achevés au plus tard le lundi 30 mars 2009 à minuit.

Les résultats de la consultation proclamés par la commission de contrôle de la consultation en application du 4° de l'article L. 564 du code électoral sont publiés au Journal officiel de la République française.