Le temps passé par le fonctionnaire en congé de formation professionnelle est compté au titre de l'ancienneté et entre en compte lors du calcul minimum de temps requis pour postuler à une promotion de grade ou accéder à un corps hiérarchiquement supérieur. Il compte également pour la retraite et donne lieu aux retenues pour pension civile dans les conditions prévues à l'article L. 9 du code des pensions civiles et militaires de retraite.

Les périodes passées par l'agent non titulaire en congé de formation sont incluses dans le temps de service reconnu à l'intéressé et sont prises en compte dans le calcul de ses droits à pension.