Le régime financier et comptable de l'établissement est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 du code de l'éducation et par le décret du 14 janvier 1994 susvisé. L'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts, les instituts et les écoles mentionnés à l'article 4 disposent d'un budget propre intégré au budget de l'établissement qui est élaboré et voté dans les conditions définies par les articles 3, 4, 17, 19, 21 et 38 du décret du 14 janvier 1994 précité.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget fixe le montant des droits de scolarité acquittés par les étudiants autres que ceux mentionnés au 8° de l'article 7, et les conditions d'une exonération éventuelle.

Le directeur général peut désigner comme ordonnateurs secondaires, pour l'exécution de leur budget propre, le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts et les directeurs des instituts ou écoles mentionnés à l'article 4.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget.