L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs adjoints et d'un secrétaire général.
Il comprend l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts ainsi que des départements de formation et de recherche, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.

L'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts assure notamment les missions prévues au quatrième alinéa de l'article 3. Elle est administrée par un conseil et dirigée par un directeur, directeur adjoint de l'établissement, nommé par le ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur général de l'Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement.
Le directeur général de l'établissement assiste avec voix consultative au conseil de l'école.

Le conseil d'administration de l'établissement comprend quarante-quatre membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
- sept représentants de l'Etat, dont au moins un représentant du ministre chargé de l'agriculture, un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, un représentant du ministre chargé de la recherche et un représentant du ministre chargé de l'environnement, ou leurs suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
- le vice-président du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux ou son représentant ;
- trois représentants des collectivités territoriales d'implantation de l'établissement ou leurs suppléants choisis par le conseil d'administration ;
b) Membres nommés :
- onze personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche, deux sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et au moins un parmi les anciens élèves ;
c) Membres élus :
- quatre représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ou leurs suppléants ;
- quatre représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ou leurs suppléants ;
- cinq représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
- deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ou leurs suppléants ;
- sept représentants des étudiants, dont un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le projet d'établissement et les contrats avec l'Etat qui le mettent en oeuvre ;
2° Le règlement intérieur et le règlement des études ;
3° L'organisation interne de l'établissement, notamment la création des départements, des services communs, d'un service d'activités industrielles et commerciales, des instituts et des écoles dont il approuve les statuts respectifs ; il approuve les statuts de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts, dont il précise les modalités d'organisation et de fonctionnement ;
4° La politique de l'enseignement, les créations de diplômes propres, les demandes d'habilitations à délivrer des diplômes nationaux et les propositions relatives aux modalités de recrutement des étudiants ;
5° La politique de recherche de l'établissement et la valorisation de ses résultats ;
6° Le budget et ses décisions modificatives ;
7° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;
8° Le montant des droits de scolarité acquittés par les stagiaires de la formation continue, les auditeurs libres et les étudiants préparant un diplôme propre, sans préjudice des dispositions de l'article 23 ;
9° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;
10° Les contrats, conventions et marchés ;
11° Les créations, renouvellements et suppressions d'emplois au sein de l'établissement ;
12° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;
13° La participation à toute forme de groupement public ou privé et la création de filiales ;
14° L'acceptation des dons et legs ;
15° Les emprunts ;
16° Les actions en justice et les transactions.
Il peut déléguer au directeur général de l'établissement, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 8°, 10°, 12° et 16°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Le directeur général, le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts, les directeurs des instituts et écoles, le ou les directeurs adjoints, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil d'administration peut constituer une commission permanente, dont il fixe la composition. Entre ses séances, il peut déléguer à cette commission le pouvoir de délibérer sur les décisions modificatives du budget ainsi que les attributions mentionnées aux 8°, 9°, 10°, 11°, 12°, 14° et 16° de l'article 7 ci-dessus.
La commission permanente est présidée par le président du conseil d'administration ou, en son absence, par le vice-président. Outre son président, elle comprend au plus quinze membres parmi lesquels doivent figurer au moins un représentant de l'Etat, deux représentants des personnels enseignants, un représentant des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels de recherche et un représentant des étudiants.
Le conseil d'administration renouvelle les membres de cette commission chaque année.
La commission est réunie par son président, sur proposition du directeur général, qui y assiste avec voix consultative. Elle rend compte au conseil d'administration de ses délibérations à la plus prochaine séance de ce dernier.

Le directeur général de l'établissement est choisi parmi :
- les professeurs et les maîtres de conférences de l'enseignement supérieur ;
- les directeurs et les chargés de recherche ;
- les ingénieurs généraux et les ingénieurs en chef du génie rural, des eaux et des forêts ;
- les inspecteurs généraux et les inspecteurs en chef de la santé publique vétérinaire ;
- les inspecteurs généraux de l'agriculture ;
- les administrateurs civils hors classe ;
- les fonctionnaires ayant occupé un emploi de directeur général, directeur, directeur adjoint, chef de service, sous-directeur ou directeur de projet dans une administration centrale durant au moins cinq ans.
Le directeur général est nommé pour cinq ans par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'enseignement supérieur après avis du conseil d'administration. Son mandat est renouvelable une fois.

Le directeur général assure le bon fonctionnement de l'établissement et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet, il exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget ;
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services généraux ainsi que de l'attribution des locaux ;
5° Il conclut les contrats, conventions et marchés délibérés par le conseil d'administration ;
6° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'établissement et peut faire appel à la force publique ;
7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints, au secrétaire général ou à d'autres membres du personnel d'encadrement de l'établissement, dans la limite de leurs attributions.

Outre le directeur général, le conseil scientifique comprend vingt-quatre membres ainsi répartis :
a) Quatorze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture :
- quatre représentants d'organismes de recherche ;
- dix personnalités qualifiées représentatives des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche et une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Dix membres élus :
- deux représentants des professeurs et personnels assimilés ;
- deux représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;
- trois représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
- deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ;
- un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.
Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au a.
Le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts et toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation.
Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence. Il exerce les attributions mentionnées aux articles 18, 29 et 52 du décret n° 92-171 du 21 février 1992 portant statuts particuliers des corps d'enseignants-chercheurs des établissements d'enseignement supérieur publics relevant du ministre chargé de l'agriculture.
Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres et sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux.
Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Le conseil des enseignants est composé de cinquante et un membres. Outre le directeur général ou son représentant qui le préside, il comprend en nombre égal des représentants élus des professeurs et des personnels assimilés, et des représentants élus des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement.
Le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts et toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil des enseignants estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil des enseignants donne son avis au conseil d'administration sur les orientations et les programmes des enseignements de formation initiale et continue, sur les modalités de recrutement des étudiants et le règlement des études, dont le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est informé.
Le conseil des enseignants est garant de la bonne organisation du contrôle et de la sanction des études. Il propose au conseil d'administration les modalités d'attribution des diplômes sanctionnant les formations dispensées au sein de l'établissement et les conditions d'ajournement ou d'exclusion des étudiants pour insuffisance dans les études sans préjudice des dispositions réglementaires en vigueur. Il émet un avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur et exerce les attributions mentionnées aux articles 22, 23, 24, 29, 39, 41 et 52 du décret n° 92-171 du 21 février 1992 portant statuts particuliers des corps d'enseignants-chercheurs des établissements d'enseignement supérieur publics relevant du ministre chargé de l'agriculture.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante comprend, outre le directeur général ou son représentant qui le préside, vingt-deux membres ainsi répartis :
a) Deux personnalités qualifiées désignées par le conseil d'administration parmi ses membres ayant cette qualité ;
b) Dix-neuf membres élus :
- quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
- quatre représentants des maîtres de conférences et autres personnels chargés d'enseignement ;
- trois représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
- huit représentants des étudiants.
Le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts et toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil de l'enseignement et de la vie étudiante estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est consulté sur les orientations des enseignements de formation initiale et continue, sur le règlement des études, ainsi que sur les programmes et les modalités de contrôle des études. Il émet un avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il propose les mesures de nature à permettre l'orientation des étudiants, leur entrée dans la vie active, et à favoriser les activités culturelles, sociales ou associatives qui leur sont offertes.
Il propose également les améliorations à apporter aux conditions de vie, de sécurité et de travail et les mesures relatives aux activités de soutien aux oeuvres sociales, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et aux centres de documentation.

Le service d'activités industrielles et commerciales de l'établissement exerce les missions confiées au service commun chargé d'assurer, au sein de chaque université, l'exploitation de ses activités industrielles et commerciales par le titre Ier du décret du 19 avril 2002 susvisé. Sans préjudice des dispositions de l'article 4, il est organisé et fonctionne conformément aux dispositions de ce même texte. Le directeur général exerce les attributions du président de l'université énumérées par le décret n° 2002-549 du 19 avril 2002 susvisé.