L'Ecole pratique des hautes études est dirigée par un président. Elle est administrée par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique, présidés par le président de l'école.
L'école est composée de sections dont la liste et les champs scientifiques qu'elles couvrent sont fixés par le conseil d'administration, sur proposition du conseil scientifique, à la majorité des deux tiers des membres en exercice.
Elle dispose en outre d'instituts, d'unités de recherche et de bibliothèques.

Le président de l'école est élu pour un mandat de cinq ans par le conseil d'administration et le conseil scientifique réunis en congrès, parmi les enseignants-chercheurs affectés à titre principal à l'établissement. Il ne peut effectuer deux mandats consécutifs.
Le congrès délibère valablement si la majorité des membres en exercice est présente. Chaque personne dispose d'une voix. L'élection a lieu au scrutin majoritaire à deux tours. Elle est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour.
La fonction de président de l'école et celle de doyen de section sont incompatibles. Lorsqu'un doyen de section est élu président, il est pourvu à son remplacement dans un délai de six mois.

Le président est assisté des doyens de section, de quatre assesseurs et, le cas échéant, de chargés de mission.
Le président assure la direction de l'établissement. A ce titre, il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par le présent décret, et notamment :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare le budget et l'exécute ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Il prépare et met en oeuvre les délibérations des conseils qu'il préside ;
5° Il soumet le règlement intérieur de l'établissement à l'approbation du conseil d'administration et veille à sa mise en oeuvre ;
6° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'école ;
7° Il nomme à toutes les fonctions intérieures de l'école pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
8° Il est responsable du bon fonctionnement de l'établissement, du respect de l'ordre et de la sécurité. Il exerce, en matière de maintien de l'ordre, les compétences attribuées au président d'université dans les conditions prévues par l'article L. 712-2 du code de l'éducation ;
9° Il est la personne responsable des marchés et peut, dans ce domaine, déléguer sa signature au secrétaire général. Dans les autres domaines, il peut déléguer sa signature à ses assesseurs, aux doyens des sections, aux responsables des instituts et au secrétaire général, dans la limite de leurs attributions ;
10° Il peut assister aux réunions de l'assemblée de chaque section et des conseils des instituts.

Outre le président de l'école, le conseil d'administration comprend :
1° Les doyens de section, membres de droit ;
2° Douze représentants des directeurs d'études ;
3° Un représentant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ayant rang de professeurs ou personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
4° Quatre représentants des maîtres de conférences de l'école ;
5° Un représentant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ;
6° Quatre représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
7° Quatre représentants des étudiants ;
8° Six personnalités qualifiées extérieures à l'école, désignées par les autres membres du conseil.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les orientations générales de l'école, le projet scientifique qui lui est soumis par le conseil scientifique, et le contrat d'établissement ;
2° L'offre de formation et la création de diplômes ;
3° La politique de l'emploi scientifique et du recrutement des enseignants-chercheurs pour lesquelles il arrête, sur proposition des assemblées de section constituées des seuls enseignants-chercheurs et personnels assimilés, les profils des directions d'études et des maîtrises de conférences à mettre au concours ainsi que leurs redéploiements entre sections ;
4° La liste des sections ;
5° La création ou la suppression des unités de recherche et des bibliothèques ainsi que la création d'un service d'activités industrielles et commerciales pour la gestion des activités mentionnées aux articles L. 123-5 et L. 711-1 du code de l'éducation, dont il approuve les statuts respectifs ;
6° Le budget et, le cas échéant, ses modifications, le compte financier et l'affectation des résultats ;
7° Le règlement intérieur de l'école ;
8° La répartition des emplois des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé qui lui sont alloués ;
9° Les conditions générales d'emploi des agents contractuels et des vacataires ;
10° Les conditions d'accès des auditeurs ;
11° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
12° Les baux et locations d'immeubles ;
13° L'aliénation de biens mobiliers ;
14° Les emprunts ;
15° L'acceptation des dons et legs ;
16° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
17° Les contrats et conventions ;
18° Les actions en justice et les transactions ainsi que le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats passés avec des organismes étrangers.
En outre, il exerce les attributions confiées au conseil des études et de la vie universitaire des universités par l'article L. 712-6 du code de l'éducation.
Dans les limites qu'il détermine, le conseil d'administration peut déléguer au président les attributions prévues aux 11°, 12°, 13°, 15°, 16°, 17° et 18°. Le président rend compte au conseil d'administration, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de ces délégations.
Dans le cadre de ses compétences, il peut créer toutes commissions utiles dont il désigne les membres et définit les missions. Les membres de ces commissions, choisis en fonction de leur compétence, peuvent appartenir ou non au personnel de l'école. Le président ou son représentant les préside de droit. Le conseil délibère sur leurs rapports.

Le conseil d'administration délibère valablement lorsque la moitié de ses membres en exercice sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés. Sauf dispositions particulières, les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents ou représentés.
Les membres du conseil d'administration peuvent donner procuration à un autre membre du conseil. Nul ne peut être porteur de plus d'une procuration.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Les séances du conseil d'administration ne sont pas publiques. Les décisions du conseil d'administration doivent faire l'objet d'une publicité dans l'établissement.

Outre le président de l'école, le conseil scientifique comprend :
1° Les doyens de section, membres de droit ;
2° Douze représentants des directeurs d'études ;
3° Un représentant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ayant rang de professeurs ou personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
4° Quatre représentants des maîtres de conférences de l'école ;
5° Un représentant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ;
6° Trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
7° Quatre représentants des étudiants inscrits en vue de la préparation du doctorat ;
8° Dix personnalités qualifiées extérieures à l'école, dont au moins la moitié de ressortissants étrangers en activité hors de France, désignées par les autres membres du conseil.

Outre les compétences qu'il tient des articles 5 et 9, le conseil scientifique est saisi de toute question ayant une incidence en matière de recherche. Il propose au conseil d'administration les orientations en matière d'offre de formation et de création de diplômes.
Il est consulté notamment sur :
1° Le contrat d'établissement ;
2° La création ou la suppression des instituts, des unités de recherche et des bibliothèques ainsi que la création d'un service d'activités industrielles et commerciales ;
3° Les profils des directions d'études et des maîtrises de conférences à mettre au concours, ainsi que leurs redéploiements entre sections ;
4° La répartition des crédits de recherche ;
5° Les projets de conventions en matière de recherche.

Le bureau de l'école est composé du président et des doyens de section. Il est consulté par le président sur la définition et la mise en oeuvre de la politique de l'école. Il est également consulté sur le règlement intérieur et l'ordre du jour des conseils.
Il se réunit au moins une fois par mois.
Les assesseurs participent aux réunions du bureau en fonction des affaires traitées.
Lorsqu'il traite d'une question concernant un institut, une unité de recherche, une bibliothèque ainsi que le service d'activités industrielles et commerciales, il en entend le responsable.
Les modalités de désignation des assesseurs et des chargés de mission et la durée de leur mandat sont définies par le règlement intérieur de l'école.

Chaque section est dirigée par un doyen, assisté d'un bureau d'au moins deux membres, et administrée par une assemblée de section. A ce titre, l'assemblée de section définit les orientations scientifiques de la section en liaison avec le projet d'établissement, à la conception duquel elle est associée en matière d'enseignement, de recherche et de relations internationales.
Le doyen de section est élu par l'assemblée de section parmi les enseignants-chercheurs et personnels assimilés affectés à l'école. Son mandat est de quatre ans, renouvelable une fois.
Il préside l'assemblée de section ainsi que toutes commissions créées à l'initiative de cette assemblée qui en définit les missions et se prononce sur les rapports.
L'assemblée de section comprend les enseignants-chercheurs de la section, des représentants des autres enseignants affectés à l'école, des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé et des étudiants de la section.
Le règlement intérieur de l'école fixe les conditions d'élection des doyens de section et le nombre et les modalités de désignation des représentants aux assemblées de section.

Les instituts concourent à l'élaboration du projet d'établissement de l'école. Ils sont administrés par un conseil et dirigés par un directeur choisi parmi les enseignants-chercheurs de l'école et nommé par le président de l'école, sur proposition du conseil de l'institut, après avis du conseil d'administration.
Chaque institut est créé, sur demande ou après avis du conseil d'administration de l'école, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur qui fixe ses missions et ses compétences, la composition de son conseil, les modalités de désignation des membres de ce conseil, la durée des mandats de ses responsables et ses modalités de fonctionnement.
Le président du conseil est désigné dans les conditions prévues par l'arrêté de création de l'institut.