Au plus tard à la fin du mois qui suit le mois d'encaissement de la redevance d'archéologie préventive, le comptable du Trésor en verse le produit net des frais d'assiette et de recouvrement au bénéficiaire indiqué sur le titre de recettes. Il prélève sur le montant de redevance perçu la part destinée au Fonds national pour l'archéologie préventive et la verse à l'Institut national de recherches archéologiques préventives.

Lorsque l'opération de diagnostic n'est pas réalisée par le bénéficiaire indiqué dans le titre de recettes, la personne publique qui a effectivement réalisé le diagnostic demande au bénéficiaire le reversement du montant perçu. Celui-ci est reversé par le bénéficiaire initial dans le délai d'un mois à compter de la réception de la demande.
Cette demande doit être accompagnée des éléments justifiant que l'opération de diagnostic a bien été engagée.

Lorsque la redevance est afférente à une opération autre que celles visées à l'alinéa a de l'article L. 524-4 du code du patrimoine faisant l'objet d'une réalisation par tranches de travaux, un titre de recettes et un avis d'imposition sont émis au début de chacune des tranches prévues dans l'autorisation administrative.
La redevance est perçue pour chaque tranche et reversée conformément aux articles 80 et 81.

Lorsqu'elle dépose un dossier de demande d'autorisation auprès de l'autorité compétente, la personne qui projette de réaliser des travaux exonérés du paiement de la redevance doit joindre au dossier les éléments justifiant qu'il bénéficie de l'une ou l'autre de ces exonérations.

Les réclamations relatives à l'assiette de la redevance sont instruites par le service liquidateur conformément au titre III du livre des procédures fiscales. Le service liquidateur adresse une copie des demandes de décharge ou de dégrèvement au préfet de région.
En cas de demande de dégrèvement, le préfet de région sollicite sans délai l'accord de l'Institut national de recherches archéologiques préventives ou de la collectivité bénéficiaire et du ministre chargé de l'archéologie. Cet accord est réputé donné à défaut de notification de la réponse dans un délai de trois mois à compter de la saisine de ces organismes.

Les décisions de dégrèvement et de décharge sont transmises au trésorier-payeur général. Elles mentionnent les références du titre de recettes initial.

Le comptable du Trésor impute le montant du dégrèvement ou de la décharge sur le montant du titre initialement pris en charge.

La majoration de 10 % prévue à l'article 1761 du code général des impôts ainsi que les frais de poursuites sont versés à l'Etat.

La fixation du taux de la redevance, tel que prévu par l'article L. 524-7 du code du patrimoine, est opérée, par arrêté du ministre chargé de la culture, au 1er août de chaque année en prenant en compte le dernier indice du coût de la construction publié par l'Institut national de la statistique et des études économiques intitulé « moyenne associée ». Le taux actualisé appliqué comporte deux décimales après la virgule. La valeur est arrondie au centième d'euro le plus proche, la fraction égale à 0,005 étant comptée pour 0,01.