Sans préjudice des dispositions relatives au droit de la concurrence, tout demandeur de sillons mentionné à l'article 19 ou toute autre partie intéressée peut saisir le ministre chargé des transports, dès lors qu'il s'estime être victime d'un traitement inéquitable, d'une discrimination ou de tout autre préjudice liés :
- au contenu du document de référence du réseau ;
- à la procédure de répartition des capacités d'infrastructure et aux décisions afférentes ;
- au système de tarification, ainsi qu'au niveau et à la structure des redevances d'utilisation de l'infrastructure empruntée, en particulier sa conformité aux dispositions mentionnées dans le décret n° 97-446 du 5 mai 1997 susvisé ;
- au certificat de sécurité, ainsi qu'à l'application et au contrôle des normes et règles de sécurité ;
- à la fourniture des prestations et services mentionnés à l'article 3 ;
- à la mise en oeuvre des accords-cadres ainsi que des contrats d'utilisation de l'infrastructure.
Le ministre chargé des transports doit se prononcer sur toute réclamation dans un délai de deux mois à compter de sa saisine.

Il est créé, auprès du ministre chargé des transports, une mission de contrôle des activités ferroviaires.
Cette mission, directement rattachée au ministre, comprend un membre du Conseil d'Etat, un membre de la Cour des comptes et un membre du Conseil général des ponts et chaussées.
Elle est chargée d'instruire les réclamations portées devant le ministre, mentionnées à l'article 28, et produit un avis motivé au plus tard dans un délai d'un mois à compter de sa saisine par le ministre.
Elle est chargée d'assurer une mission générale d'observation des conditions d'accès au réseau ferré national. Elle peut, à ce titre, formuler des recommandations au ministre chargé des transports afin de lui proposer toute mesure de nature à faciliter la mise en oeuvre des dispositions du présent décret.
La mission de contrôle des activités ferroviaires établit un rapport d'activité annuel qui porte à la fois sur l'instruction des réclamations et sur l'observation des conditions d'accès au réseau ferré national. Ce rapport est rendu public.
Les administrations de l'Etat et les établissements publics de l'Etat fournissent à la mission de contrôle des activités ferroviaires toutes les informations que celle-ci estimerait nécessaires à l'examen des réclamations portées devant le ministre.
Les modalités de fonctionnement de la mission de contrôle des activités ferroviaires sont fixées par arrêté du ministre chargé des transports.