La mission interministérielle aux rapatriés est placée sous l'autorité d'un président nommé par décret du Président de la République. Sa gestion est assurée par le ministre chargé des affaires sociales.

La mission interministérielle aux rapatriés comprend deux sections placées sous l'autorité directe du président :

- la section " rapatriés " ;

- la section " Français musulmans rapatriés ".

Les autres modalités d'organisation de la mission sont fixées par arrêté du Premier ministre.

Le président de la mission a autorité sur le service central des rapatriés et le service de coordination des actions en faveur des rapatriés. Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux services de tous les départements ministériels. Il bénéficie du concours de l'Agence nationale d'indemnisation des Français d'outre-mer.