Le centre est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et du budget.