Le conseil d'administration détermine la politique générale du centre Jean-François-Champollion dans le cadre de la législation et de la réglementation nationales applicables.
Il délibère notamment sur :
1. Les orientations relatives aux formations ainsi que sur la politique de coopération extérieure ;
2. L'organisation et le fonctionnement du centre ;
3. L'organisation générale des études ;
4. Le budget, ses décisions modificatives et le compte financier ;
5. Le règlement intérieur et le règlement pédagogique du centre ;
6. Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles et l'acceptation des dons et legs ;
7. Les emprunts ;
8. Les contrats, conventions ou marchés qui doivent lui être soumis pour approbation ;
9. La détermination et le taux de redevance et rémunérations de toutes natures qui sont perçues par le centre, à l'exception des droits de scolarité dus par les usagers ;
10. Les actions en justice et les transactions ainsi que le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats passés avec des organismes étrangers ;
11. La structuration du centre en départements et services.
Il autorise le directeur à introduire les actions en justice.

Le directeur dirige le centre Jean-François-Champollion dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration auquel il rend compte de sa gestion.
Le directeur exerce notamment les compétences suivantes :
1. Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2. Il prépare le budget de l'établissement, ses modifications et l'exécute ;
3. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
4. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du centre ;
5. Il a autorité sur l'ensemble des personnels du centre et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu de pouvoir de nomination ;
6. Il est responsable du maintien de l'ordre au sein du centre ;
7. Il répartit les services après avis des équipes pédagogiques ;
8. Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
9. Il est chargé de l'organisation des opérations électorales ;
10. Il constitue les jurys d'examens et répartit les services d'enseignement ; il nomme les présidents de jury en accord avec les présidents des établissements concernés par les habilitations ;
11. Il propose au conseil d'administration la création de départements et de services au sein du centre.
Le directeur peut déléguer sa signature au secrétaire général ainsi qu'aux directeurs adjoints.

Le conseil scientifique et pédagogique propose au conseil d'administration les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique, ainsi que la répartition des crédits de recherche. Il est consulté sur les programmes de formation initiale et continue, sur la qualification à donner aux emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur vacants ou demandés, sur les programmes ou contrats de recherche, sur les demandes d'habilitation, sur les projets de création ou de modification des diplômes d'établissement et sur le contrat d'établissement. Il assure la liaison entre l'enseignement et la recherche. Il émet un avis sur la structuration du centre en départements et services.

Sous réserve des dispositions de l'article 31 ci-dessous, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans un délai de quinze jours suivant la réception des procès-verbaux par le recteur d'académie, à moins que celui-ci n'en autorise l'exécution immédiate. Dans ce délai, le recteur d'académie peut s'opposer à l'exécution d'une délibération et demander au conseil de délibérer à nouveau. Il peut procéder à l'annulation d'une délibération qui lui paraîtrait irrégulière dans le délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition est levée de plein droit.