Le fonds est géré par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Conformément au tableau des emplois arrêté par le comité d'orientation, l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé procède au recrutement du personnel nécessaire au fonctionnement du fonds. L'équipe de gestion du fonds est chargée, sous l'autorité du directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé :

- de préparer le cahier des charges des actions d'information financées par le fonds ;

- de proposer les critères de sélection des actions pouvant bénéficier d'une participation financière du fonds, d'organiser la sélection et de proposer la liste des actions ;

- de suivre la réalisation des actions retenues par le comité d'orientation ;

- de préparer le budget annuel du fonds, le tableau des emplois et le rapport d'activité du fonds.

Le comité d'orientation vote chaque année le budget autonome du fonds de promotion de l'information médicale et médico-économique en équilibre, sur proposition du directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.

Les opérations d'engagement, de liquidation et d'ordonnancement sont effectuées par le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Le paiement est effectué par l'agent comptable de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.

Les opérations de dépenses et de recettes du fonds sont soumises au contrôle financier de l'Etat dans les mêmes conditions que celles qui sont applicables à l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Le contrôleur financier de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé assiste, sans voix délibérative, aux réunions du comité d'orientation.

Le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé rend compte au comité d'orientation, chaque année en mars et septembre, de l'état de consommation des crédits du fonds de promotion. L'état établi en mars comporte un bilan de l'exécution budgétaire de l'année précédente et l'état établi en septembre comporte une état prévisionnel des dépenses de l'année suivante.

Un compte financier du fonds est établi à l'issue de chaque exercice comptable. Il est approuvé par le comité d'orientation. Le résultat de l'exercice est affecté au fonds. Ce résultat est retracé dans une ligne spécifique du bilan annuel de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.

Pour l'application de l'article L. 4001-2 du code de la santé publique, le produit de contribution pris en compte pour opérer le versement au profit du fonds mentionné à l'article L. 4001-1 du code précité est celui dû par les entreprises au titre du dernier exercice clos, conformément au premier alinéa de l'article L. 245-6 du code de la sécurité sociale.

Les modalités de ce versement sont déterminées par une convention conclue entre l'Agence de sécurité sanitaire des produits de santé et l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale.

Les délibérations du comité d'orientation prévues aux articles 5 et 9 sont transmises aux ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget. Elles sont exécutoires en l'absence d'opposition des ministres dans un délai d'un mois.