Les agents ont droit, après service fait, à un traitement indiciaire calculé en fonction d'un indice majoré et selon la valeur du point de la fonction publique en vigueur augmenté, le cas échéant, de l'indemnité de résidence.
Peuvent s'ajouter, le cas échéant, le supplément familial de traitement et le remboursement partiel des frais de transport domicile-travail, ainsi que d'autres éléments de rémunération prévus par la réglementation.

Le montant de la rémunération est fixé, en tenant compte, notamment, des fonctions occupées, de la qualification requise pour leur exercice, des diplômes et qualifications détenus par l'agent ainsi que de l'expérience professionnelle acquise et en comparaison avec la rémunération des agents occupant des fonctions similaires.

La rémunération des agents contractuels permanents employés à durée indéterminée et des fonctionnaires titulaires accueillis en détachement fait l'objet d'un échange au moins tous les trois ans et peut, le cas échéant, être réévaluée, pour un motif autre que l'évolution du point d'indice, notamment au vu des résultats des entretiens professionnels.
Elle peut également faire l'objet d'un réexamen avant le terme des trois ans mentionné précédemment pour tenir compte d'une évolution des fonctions, d'une promotion et/ou d'une mobilité qui impliquent une modification substantielle de la fiche de poste avec l'attribution de nouvelles missions pérennes entraînant des responsabilités accrues.
La rémunération des agents recrutés sur contrat à durée déterminée dans le cas d'une mission ou d'un projet spécifique peut faire l'objet d'une réévaluation durant le contrat, notamment au vu des résultats des entretiens professionnels ou de l'évolution des fonctions.

Un complément de rémunération intitulé 13e mois est alloué aux agents (contractuels permanents, contrat à durée déterminée dans le cas d'une mission ou d'un projet spécifique, fonctionnaires titulaires accueillis en détachement ou mis à disposition) ayant compté dans les effectifs au minimum trois mois de présence.
Il correspond à un mois de traitement indiciaire brut et d'indemnité de résidence (pour les agents qui la perçoivent) pour les agents de catégorie A+, A, B et C, à un mois et demi pour les agents exerçant la fonction de secrétaire général et de directeur et à deux mois pour l'agent exerçant la fonction de directeur général (mois de référence : octobre).
Il est versé avec la paie du mois de novembre de chaque année, au prorata temporis de la quotité annuelle de travail et de la présence de l'agent au cours de l'année, y compris pour les agents ayant quitté l'Autorité en cours d'année.

Une prime de performance permet de reconnaître la performance individuelle des agents, leur investissement personnel dans l'exercice de leurs fonctions et dans la mise en œuvre du plan stratégique de l'Autorité.
Elle est aussi l'occasion de valoriser les travaux particuliers ayant eu des conséquences sur l'activité annuelle et auxquels l'agent a participé, au cours de l'exercice évalué, en tenant compte de sa manière de servir et de sa valeur professionnelle.
Peuvent y prétendre les agents (contractuels permanents, contrat à durée déterminée dans le cas d'une mission ou d'un projet spécifique, fonctionnaires titulaires accueillis en détachement et mis à disposition) ayant compté dans les effectifs au minimum trois mois de présence.
Elle se présente sous la forme d'un montant annuel, versé avec la paie du mois de décembre, calculée au prorata du temps de présence de l'agent et de sa quotité annuelle de travail dans l'Autorité.
Elle est calculée par l'application d'un barème fixant un montant pour chaque niveau d'appréciation porté par le supérieur hiérarchique lors de l'entretien professionnel annuel pour ce qui concerne la tenue de poste et l'atteinte des objectifs.
Le montant de la prime de performance alloué à chaque agent n'est pas reconductible d'une année sur l'autre et ne crée pas de droit acquis.

Une indemnité exceptionnelle peut être allouée aux agents (agents contractuels permanents, contrat à durée déterminée dans le cas d'une mission ou d'un projet spécifique, fonctionnaires titulaires accueillis en détachement ou mis à disposition, agents non permanents) en fonction de contraintes ou de circonstances particulières dans l'exercice de leurs missions ou dans le cadre d'un dispositif d'astreinte et de permanence.
Les conditions d'attribution et le montant de cette indemnité sont fixés par décision de la présidente.